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在第二部里,包拯(陆毅 饰)已经褪去了初生牛犊不怕虎的生涩和冲动,而成了稳重有担待的县城父母官,偏安一隅为民请命。这天收到皇上急召回京,查办收受贿赂贪污的官员接连连续死亡的案件。少年包青天再次出动,而沿路上在各个案件里遇见的王朝马汉、张龙赵虎,日后都会是我们熟悉的大名鼎鼎的包公身边的护卫人物。公孙策(任泉 饰)已然拜服在包拯的聪明才智下,甘愿辅佐他办案。这次遇见的姑娘的是惯偷小蜻蜓(范冰冰 饰),活泼捣蛋的她一直身份神秘,直到案件去到大画家冯止水事件,大家才明白小蜻蜓的身世悲惨:收养她的义父自小视他如己出,为她亲笔作画《牡丹亭上的少女》,内藏一秘密。后来失踪于江湖再无音信,多年来小蜻蜓用尽办法找寻义父下落皆无消息,这次唯有希望包拯能查出事情真相。
公孙策推理,展昭中毒并非因为身份败露,可能只是误中副车,当务之急是要找出落毒之凶徒,因为只有凶徒才能替展昭解毒!为此公孙策预备筹划一次自我中毒的假局,但正要行动之时,投宿在金龙寺的胡家五口却遭毒害!凭借蛛丝马迹,公孙策破解那是唐氏兄弟所为,但却给两人逃走了……策检验之下,知道,唐氏兄弟所用之毒药,与展昭所中的有异,才知道唐氏兄弟只不过是趁火打劫吧了!那么,真正的下毒凶手到底隐藏在哪里呢?而下毒害展昭的,是否也就是打算行刺包拯的刺客呢?