共51集
前刑警队长落网，龙宇集团势力重组，多年前令全市女孩恐惧的碎尸案真凶逐渐浮出水面，十二年前，是什么，让那个充满正义感的警界奇才，变身成为冷酷的杀手？十二年后，是什么样的因果，让新一代的darker，无法逃避自己的宿命？darker对生父死亡真相调查的不懈努力，一三零人质劫持案——那被警界传奇刻意隐瞒多年的真相得以揭晓，老师的“失误”，那是否使他放弃杀戮？少女的柔情，能否使他得到救赎？“那根本就是刻骨的仇恨，任何人都不得不报的仇恨。”他会坚持老师的信仰，还是甘愿退出这场宿命轮回的残酷游戏？少女给予了老师最后的遗物，他的选择究竟是什么？罗飞，在和darker的博弈中，他的选择，又会是什么？
刑警二队队长周皓在自己家里逮住了一个小偷，他将其带回警局审问，丁局却立即将她放走了，原来这小偷有着悲惨的身世，她名叫段小灰，父母双亡，跟着爷爷生活，她的爷爷老段以前也曾是个小偷，丁局曾与他打过交道。警方接到谋杀案报警，周皓带人赶到案发现场，发现老段腹部中刀，而小灰拿着带血的尖刀跪在一旁，现场的证据都指向段小灰是最大嫌疑人，小灰称爷爷的死是黑社会古惑仔所为，可大家都不相信。
小灰的遭遇令梁音感同身受，因为她也有过相似的童年经历，爸爸被杀时也是没有一个人相信自己，她萌生了解救小灰的想法。梁音偷偷去检验小灰爷爷的尸体，发现了一些问题，她去审讯段小灰，小灰告诉梁音，自己在进家门前看到一群古惑仔刚刚出来，她请梁音帮忙拿回自己的别针，那是爷爷送给她的，梁音最终悄悄走进了物证室。第二天，小灰承认了自己杀死爷爷的罪行，周皓带小灰去指认现场，小灰趁机用别针撬开手铐逃走了，罗飞怀疑是梁音将别针交给的小灰，他觉得梁音在这件案子上有点反常，穆剑云觉得这可能跟梁音的童年经历有关，两人展开了调查。
周皓通过手机追踪小灰，竟然与韩灏不期而遇，他想抓到韩灏，韩灏却上了阿华的车跑了。梁音的身世之谜渐渐解开，童年即失去父母的梁音也是孤儿，后被舅舅收养。梁音查找小灰的下落，得知小灰去找东城山鸡哥了，梁音赶到用麻醉针当武器救出了小灰，山鸡的同伙赶到，她们躲入一间仓库，在这里发现了一具尸体。山鸡的同伙在停车场截住了梁音和小灰，罗飞等人及时赶到把这些黑社会全都抓了起来，罗飞告诉梁音，自己收到了一张死亡通知单，受刑人是山鸡，正当他们寻找山鸡时，他已挟持着小灰逃走了。
穆剑云独自去拜访梁音的舅舅白教授，得知小梁音为查出爸爸的死因，而开始学习解剖尸体，从那时起，性格变得逐渐怪异。山鸡的死亡通知单上没有日期，不知Darker会什么时候动手，小灰用别针开锁时被山鸡发现了，这时Darker出现，掳走了山鸡。熊原救回小灰，小灰给罗飞带来了Darker的密信，信中提示了山鸡所在的位置，梁音首先找到山鸡被绑的天台，专案组其他成员也先后赶到，梁音认为像山鸡这种人就应该受到Darker的惩罚，穆剑云劝她不要忘记自己是警察，梁音逼山鸡供认出自己的杀人、贩毒等罪行，然后将用以引爆的硝酸甘油打破，众人虚惊一场，原来那不过是地沟油而已。穆剑云拿出薛天的照片，山鸡认出那正是绑架自己的人，难道薛天真的是Darker吗？
周皓和小灰去祭奠爷爷，小灰的复学手续已经办妥，她将回到学校去继续上学。曾日华查到了几年前的一则报道，小梁音十岁的时候就曾自己破了父亲的被害案，大家觉得太不可思议了，罗飞以有这样的同伴为荣。