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唐武周时代的一年春天，扬州琼花观天下独有的琼花突然枯而复荣，而且竟然绽放出血色花朵，一时间人心惶惶，谣诼纷起，且矛头直指国体，威胁到朝政安全。为此，皇帝武则天特派太子李旦前往镇抚，不料李旦却于抵达扬州后神秘地失踪了。大案惊天，狄仁杰奉旨前往扬州调查，几经坎坷勘破重重迷雾，与助手李元芳深入虎穴，舍生忘死，与齐聚扬州的三教九流各色人等，特别是以刺史窦天德与名士宇文驰为代表的阴谋势力，展开了扑朔迷离、诡谲凶险的智勇比拼与角逐，破获了以《琼花案》和《金人案》为代表的一连串古怪离奇的谜案，不断使犯罪者落入法网，并最终成功地粉碎了反叛势力企图制造混乱、颠覆朝廷的巨大阴谋，迎回太子，制止了动乱。
元芳进入青山寺后果然发现了后院有异常，他正想上前查看时却突然遇到一和尚，他不得已只得放下东西和老伯一起退出寺庙。
金木兰与栖霞两人在古墓内交换太子和钟世英，栖霞上前查看后便知道眼前的太子也是个假的，她一言揭穿了金木兰的诡计，金木兰对她这个儿子并不在乎，此番想把他换回去也只是为了要灭口而已。金木兰听此便马上割掉了钟世英的舌头，她认为自己此番定是赢定了，可没想到栖霞也并不傻，他们眼前的这个钟世英也是假的，两方人马因此相打了起来，金木兰射出毒针后便躲进墓中。
府衙内，元芳告诉狄仁杰他已经摸清了青山寺的情况，可以开始行动了，狄仁杰告诉元芳他此番的行动除了青山寺之外更重要的是太子，他断定那位在钟家村假冒钟世英的人就是太子，而金木兰便是本案的幕后主使，而且不单单是她一家的力量，曾泰也是在其中。现如今曾泰靠狄虎得到了两件神器，他必定会行动得更欢，所以元芳的行动必须万无一失，并且一定要抢在他们的前头。
栖霞想从钟世英口中审问出太子身在何处，但钟世英十分嘴硬不管栖霞如何施酷刑他都不肯说出，雪娘已经离他而去，他只一心求死想要去见雪娘，栖霞见他这副敬酒不吃吃罚酒的样子便拿剑砍断了他的手掌，命手下人继续施刑，直到钟世英肯说为止。就在此时，栖霞也突然发现了她砍断的那只手掌上有一个胎记，这个胎记与她儿子的胎记完全一样。栖霞看着眼前的钟世英十分不敢相信，他竟会是她的儿子，她连忙命人停止行刑，赶快请郎中前来医治。
栖霞带着那只手掌前来找金木兰，金木兰告诉栖霞钟世英确实是她的儿子，当年抢走这个孩子的强盗也是自己所主使的，既然栖霞可以抢走她丈夫，她为何不能抢走栖霞的儿子，而且古墓之中也是她故意让栖霞识破她的J计，然后再故意诱导栖霞让她折磨自己的儿子。看着眼前心痛疾首的栖霞，金木兰将之前栖霞跟她说过的话全都还给了栖霞，她从未虐待过自己的亲生儿子，她所虐待的是栖霞的儿子。栖霞气愤之下想取了金木兰的性命但却依旧不敌金木兰，金木兰只留下一串笑声便扬长离去。
江州城，元芳的行动已经开始，而狄春也按照狄仁杰吩咐将一封书信前去送给不言，信中只提及了“花船船底”这四个字。另一边，窦天德前来看望栖霞，栖霞却隐瞒了钟世英的事情，外边信号响起，窦天德知道李泰是有事找他，他让栖霞好好休息便前去寻找李泰。待窦天德走后，栖霞带着徐敬业的牌位来找世英，她深感自己对不住儿子，她向徐敬业说起她当年发过的誓言。正在此时，窦天德前来刑房之中找栖霞，栖霞听到动静后连忙将徐敬业的牌位藏起，她告诉窦天德她想让世英假冒太子，于是便命手下将世英抬下去好生照料。窦天德拿出了宇文弛之前所吟的那首诗，他也参破了这诗中的玄机，诗中宇文弛将火丹的配比暗示给了他们。栖霞大喜认为他们现如今只要有了两件神器，他们就得以成功了，窦天德将李泰给的两件神器拿了出来，栖霞倍感意外，没想到李泰这人也发挥了作用，有了神乌飞龙这两件神器他们的大事必定成功。
元芳潜伏进青山寺中，他无意间发现青山寺中设有一牢房，而牢房之内关锁着一人，这人与他竟然是旧识。他们两人设法引开了火药房前看守的人，然后两人再偷偷溜火药房中。