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唐武周时代的一年春天，扬州琼花观天下独有的琼花突然枯而复荣，而且竟然绽放出血色花朵，一时间人心惶惶，谣诼纷起，且矛头直指国体，威胁到朝政安全。为此，皇帝武则天特派太子李旦前往镇抚，不料李旦却于抵达扬州后神秘地失踪了。大案惊天，狄仁杰奉旨前往扬州调查，几经坎坷勘破重重迷雾，与助手李元芳深入虎穴，舍生忘死，与齐聚扬州的三教九流各色人等，特别是以刺史窦天德与名士宇文驰为代表的阴谋势力，展开了扑朔迷离、诡谲凶险的智勇比拼与角逐，破获了以《琼花案》和《金人案》为代表的一连串古怪离奇的谜案，不断使犯罪者落入法网，并最终成功地粉碎了反叛势力企图制造混乱、颠覆朝廷的巨大阴谋，迎回太子，制止了动乱。
胜蚩伶前来找武懿宗，他告诉武懿宗他与武三思两人目前不会有任何危险，武则天现在必定不会动他们两人，而他们也只有配合他的行动，这才能打败狄仁杰。此夜他夜观天象，已经发现了祥瑞之召，点石成金的光明圣水即将出现，这意味着距离武三思荣登宝座的时间也越来越近了，至于狄仁杰此人他早已经有了对付的办法。
朝堂上，官员们上奏武则天，想让武则天顺着李淳风的推背图立刻着手修造天枢，以兴国运。狄仁杰对此极力反对，修建天枢是大工程需要耗费巨大的人力物力，如今大灾刚过，朝廷若再兴此大役，老百姓必定雪上加霜，依他之见真正的天枢在于人心，如果武皇能够以此财力与民生息，让他们感受到皇恩浩荡，这会比起修建天枢这个方法好过千百倍。
武皇认为百姓的生计要管，而大周的国运也不可不顾。此时国师也出来力主修建天枢一事，武则天一番权衡利弊后便把安抚百姓一事交给了张柬之，而修建天枢之事交给了国师。国师此时还认为青铜树花苞上所刻的波斯古语应先破解再建天枢，武天则认为他说得也十分在理，于是便下令全天下重金和高官悬赏能解读这波斯古语之人。此外武则天还将武三思与武懿宗两人停职反省。
狄仁杰觉得这青铜树一案远远没有表面的这么简单，案件虽然至此是告一段落了，可案件中的种种疑点他们还没有弄明白。以往的断案他总能层层剥茧，即使遇到再难的案件他也能提前预察，巧为抽身与应对，而这一次他虽然也预感到背后有一只无形的大手在牵引着他们，可他始终看不清那个人的身份。
狄仁杰认为他们之所以陷入了如此困境是因为对手利用了武氏家族，令他们即便锁定了目标也会投鼠忌器，碍于陛下的颜面而不敢行动。所以投鼠忌器的事情他们不做，但他们可以采用老百姓最常用的捉鼠办法来捉出这只大老鼠，最简单的办法也往往是最有效的办法。
张柬之回到府后也感到了此事的不对头，他赶紧前来狄府寻找狄仁杰，他认为形势如此下去，武周怕是要灭亡。狄仁杰只道自己也并不相信一本书会决定一个朝代的存亡，可陛下和百姓们都较为迷信，他们不可能通过几次舌战群儒就改变几千年来形成的信仰。如果他们没有用事实来揭破这些谎言的话，恐怕陛下也很难阻止这次行动的开始。至于这个揭破的时间则要选择在最恰当的时机方才得效。话毕，狄仁杰突想起了他们在沉家堡酒宴上遇到的那名懂波斯古语的诗人，狄仁杰认为此人定能胜此任，他决定明日便前去找这位诗人。
狄仁杰决定请沉玉帮忙并就此对他进行深入的考察。于是第二日，狄仁杰带着元芳前来沈府，他向沉玉问起那位懂波斯古语的诗人，沉玉只道那个人是他的好朋友，名叫达斯坦。达斯坦是著名的波斯学者，狄仁杰也曾听过他的事迹，他将达斯坦与王子前来借兵复国的事迹讲给了众人听并询问沉玉达斯坦是否识得波斯古文，沉玉认为达斯坦是著名学者，必定是识得波斯古文。
狄仁杰将此消息禀报给了武则天，他认为沉玉目前是可以相信的。武则天听罢便命沉玉为迎请副使，与国师弘毅两人前往乾元镇迎接达斯坦来朝。次日，沉玉与国师两人接到命令后马上赶往乾元镇，但达斯坦已经早已经被人先行接走了，接走达斯坦的人自称是皇使，国师感到其中的不对劲便马上与沉玉两人往回赶，结果两人在途中遭遇了蜂群和箭雨的攻击。
待躲过这两次劫难后，国师才想起向他们所攻击的箭都是没有箭头的，而蜂群也不会致命，因此这些人并不是真正想取他们的性命，而是想拖延时间。至于这一切事情的真相只有等他们回到神都方可知晓。