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自十三世纪开始，倭寇为患中国，明朝嘉靖年间贻害最烈。权奸严嵩父子把持朝政，军队无能。日本九州藩招揽武士浪人，勾结海盗大举入侵，略地屠城；中华帝国面临着有史以来最严峻的海权挑战。戚继光生于将门之家，少年时期反叛不羁，屡屡闯祸，幸得严父和恩师循循善诱而成为文武全才；他娶得悍妻，反而养成他非凡的耐性；赴京考武举，结交了未来的贤相张居正，在政治纷争中共筹国家海洋战略；他知遇浙闽总督胡宗宪，助其完成中国第一部海防图集《筹海图编》；他携名将俞大猷、智囊徐文长，在腥风血雨间谱写传世兵法，创新武器，打破传统抗倭战术，锻造出戚家军，打赢了第一场荡平倭寇的民族战争，在刀光剑影中重铸中华脊梁。
严嵩将三个箱子放在嘉靖帝面前，一个箱子里装的是他这么多年来贪墨的账，一个箱子里装的是奏疏，奏疏有言官御史弹劾他们父子的，还有保胡宗宪和戚继光的，而第三个箱子里则是两份名单，一份是严党在各个部门任职的人的名单，另一份则是徐阶拟定的接任名单。
嘉靖四十一年，严党垮台。严嵩被贬为庶民，遣回江西老家，严世蕃处死。胡宗宪遭到牵连，他将浙江诸事托付给钦差大臣谭纶，进京面圣。徐阶担心胡宗宪出事，那远在福建与倭寇决战的戚继光就保不住了。
胡宗宪为保戚继光，将之前划拨戚家军的军需账目全毁了，他让谭纶记住，所有的钱都是他胡宗宪一人贪了，花天酒地挥霍了，唯独没有给戚家军一分一毫。徐文长也按胡宗宪的意思写信给戚继光，让他记住无论朝廷传来怎样的消息，只要圣旨没到，切勿妄动，戚家军可回新河休整，养伤备战，但万不可主动求战。胡宗宪嘱咐徐文长留下来辅佐谭纶，并让他无论任何时候都要以戚家军为重。徐文长坚持要跟着胡宗宪进京，声称普天之下能用他徐文长的人唯胡宗宪一人。
来到京城嘉靖帝就请胡宗宪吃面，并和他一起算了一笔账，一碗面只需几钱银子，而一年严嵩父子收的盐税就高达三百二十万两，上交户部仅一百二十万两，分给他胡宗宪四十万两，试问四十万两可以买多少碗面？养活多少百姓？胡宗宪唯有跪地认罪的份。嘉靖帝问胡宗宪这四十万两又有多少流到了戚家军？戚继光究竟贪了多少？胡宗宪称眼下大明可以没有严嵩、严世蕃，没有徐阶、张居正，没有他胡宗宪，但绝对不能没有戚继光，至于戚继光个人究竟贪没贪相信皇上心里有把秤，他只知道所有的钱都是自己一个人贪的，一个人花的，账实在是交不出来。
胡宗宪被押进了诏狱，一道圣旨传到戚家军军营，摘了戚继光的兵权。遭到牵连的戚继光，怎么也不肯任胡宗宪蒙冤，他千里疾驰入京，持剑欲闯诏狱。
徐渭感念胡宗宪对他的知遇之恩，求得皇上恩准，陪同胡宗宪一同蹲大牢，胡宗宪向徐文长交代但凡戚继光要想继续对抗倭寇，荡平海波，那么只有和他胡宗宪划清界限，让他去死。为防他死后徐文长做傻事，胡宗宪提出他编写的《筹海图编》即将完成，手稿在谭纶处，他让徐文长答应帮他完成此事。