该剧讲述了世代研究医术的神木族少年木星尘(李宏毅饰),救下误闯领地的医药世家之女叶云裳(赵露思饰),为逃避皇族内斗而随她一起来到民国乱世,却遇上罕见瘟疫,木星尘凭借青囊术拯救了众生和本族,经历各类诱惑与爱情的考验,最终成为一代医尊,最后他放弃王位,和爱人叶云裳云游人间,济世众生的故事。
空禅想阻止木星尘救活神树,不料失手杀死了乔震天。木星尘使出重生术和空禅拼斗在一起,楚天瑶想帮木星尘,被空禅打伤,叶云裳激发她体内的圣果之力,攻向空禅,二人瞬间化为灰烬。楚天瑶继续行医治病,她的脸留下了伤疤,但上官文轩依然爱她。神树已经恢复生机,木星尘来到神树下面悼念,他蓦然发现,叶云裳站在神树的枝头之上,他惊喜的飞身上去,将她紧紧抱住。