共28集
电视剧《眼中钉》讲述的故事发生在1947年。故事主人公秦风和白雪是一对恋人，秦风在共产党组织的反对蒋家王朝的学生运动中表现出色，被他的老师，中央地下党的领导人陈天浩吸收入党，并派往敌人的心脏从事党的地下工作，最终成为一名出色的特工。由于隐蔽工作的特殊性，秦风只能不辞而别。刚怀孕的白雪此时家破人亡，走投无路，无处安身，只好不明就里地接受姑姑——国民党军统的王牌特工的安排，参加了国民党军统的特训班。在生下儿子后，又派往国外训练，后以进步青年的身份潜入我解放区，成为解放军的一名干部，代号“银狐”。在一场关乎中国解放进程的战役前夕，国民党军统特务头子派遣白雪来到滨江，目的是摸清我军主攻方向，刺探我军情报。此时，秦风调回解放区，肩负着破获以“银狐”为首的敌特组织的重任。一对恋人在分别六年后，终于相见。秦风怀着深深的内疚，面对白雪的冷漠，依旧想唤起白雪的爱情。秦风炽热的爱慢慢熔化着白雪，白雪的信仰在摇摆、在改变。特务头子，白雪的姑姑察觉后，利用白雪的儿子要胁，迫使白雪走上继续与人民为敌的道路，最后被秦风击毙。一对生死恋人，两个高级特工，情仇交织，斗智斗勇。不同的信仰决定了两个人不同的命运。这是一部中国版的《史密斯夫妇》。
方宗元还没来得及交代就被人毒死在保卫处，李部长雷霆大怒，向陈天浩了解提审方宗元的经过，断定保卫处有内奸，准备派工作组下去调查。陈天浩细细回想审查过程，一个可疑的身影浮现出来，那就是保卫处副处长黄文政，但由于缺乏证据，陈天浩找来黄文政谈话，旁敲侧击。黄文政反客为主，认为大家都有责任，应该展开调查，首先要从自己开始。陈天浩想从抓获的特务刘四身上找到突破口，但没有审出有用的消息。白雪盗窃情报成功，保密局下令嘉奖银狐和Y。孙医生收到嘉奖令后表扬了白雪，并布置新的任务，让她为了党国牺牲自己，嫁给张旅长，摸清重炮旅位置。白雪回家后发现张旅长早已等在门外，原来他是来向自己告辞的，重炮旅已经接到命令开拔。恰好此时，秦风和尚尔芸路过。白雪和秦风互相气对方，各自对张旅长和尚尔芸作亲密状，还相约一起举行婚礼。白雪给小石头补课，触动情怀，想起自己的儿子。陈天浩和秦风碰头，两人不约而同怀疑Y就是黄文政。工作组到达保安局，对陈天浩、鲁大成、周建华、黄文政等人展开调查。黄文政故意把疑点指向陈天浩。自以为狡计得逞的黄文政心情大好，发现王玉展在办公室等自己。两人相约一醉方休。酒至半酣，黄文政露出真面目，指出敌人的情报都是王玉展泄漏出来的。王玉展大惊失色，这才知道黄文政原来是内奸，但木已成舟，悔之晚矣。黄文政乘机拉王玉展下水。王玉展无可奈何，只得答应。为了获取重炮旅的位置，王玉展四处查探资料，也没能如愿。白雪接到张旅长的电话，张旅长还在担心白雪的身体，还帮白雪弄了点当地的特产托人带给白雪补身子，白雪感动。秦风和尚尔芸为了调查黄文政，来到前指档案室，调出黄文政的档案。两人惊讶地发现黄文政曾经改过名字。孙医生收到王玉展提供的情报后，命令白雪确认重炮旅的位置。白雪展开调查却一无所获，最后拨通张旅长的电话，虽然张旅长没有说出他所在位置，但白雪还是通过一些蛛丝马迹，猜到了重炮旅最有可能驻扎的三个位置。柱子终于把张旅长送给白雪的土特产——小米送到了，看到这份礼物，白雪终于确定了重炮旅的位置，那就是黄米屯。监听员检测到敌人电台发出的信号，还来不及破译，敌军的飞机就已经在黄米屯展开猛烈的轰炸。白雪收到重炮旅遭到轰炸，张旅长重伤的消息，愣住了。