共28集
电视剧《眼中钉》讲述的故事发生在1947年。故事主人公秦风和白雪是一对恋人，秦风在共产党组织的反对蒋家王朝的学生运动中表现出色，被他的老师，中央地下党的领导人陈天浩吸收入党，并派往敌人的心脏从事党的地下工作，最终成为一名出色的特工。由于隐蔽工作的特殊性，秦风只能不辞而别。刚怀孕的白雪此时家破人亡，走投无路，无处安身，只好不明就里地接受姑姑——国民党军统的王牌特工的安排，参加了国民党军统的特训班。在生下儿子后，又派往国外训练，后以进步青年的身份潜入我解放区，成为解放军的一名干部，代号“银狐”。在一场关乎中国解放进程的战役前夕，国民党军统特务头子派遣白雪来到滨江，目的是摸清我军主攻方向，刺探我军情报。此时，秦风调回解放区，肩负着破获以“银狐”为首的敌特组织的重任。一对恋人在分别六年后，终于相见。秦风怀着深深的内疚，面对白雪的冷漠，依旧想唤起白雪的爱情。秦风炽热的爱慢慢熔化着白雪，白雪的信仰在摇摆、在改变。特务头子，白雪的姑姑察觉后，利用白雪的儿子要胁，迫使白雪走上继续与人民为敌的道路，最后被秦风击毙。一对生死恋人，两个高级特工，情仇交织，斗智斗勇。不同的信仰决定了两个人不同的命运。这是一部中国版的《史密斯夫妇》。
余震江对秦风落井下石，秦风不为所动，反过来提醒余震江，称其已经成为黄文政的眼中钉。黄文政向狱中的秦风承认自己是国民党派遣潜伏在共产党内部的特务，并要求秦风交出指证自己的证据。秦风回想起当初文乐然提起能够证实特务的照片的事和陈天浩谈话，终于确定Y就是黄文政。秦风决定保持沉默，静待转机。白雪接到命令，把Y弄到的最新情报放到陈天浩的儿子小石头书本的书皮上，白雪虽然不解，但还是照办了，并对小石头学校的校长产生了怀疑。敌人的电台再次活跃起来。情报到达国民党保密局，局长对情报提出质疑，断定其为假情报。局长认为事态严重，命令孙医生加强对Y的控制。假情报事件之后，情报工作愈加难以开展，白雪装病再次来到孙医生的办公室，旁敲侧击，故意说黄文政的坏话，想证实黄文政的身份。孙医生不置是否。尚尔芸回来，到处找不到陈天浩与秦风。尚尔芸找保卫处李部长打听秦风的消息，并将自己此次的行动结果向李部长作了汇报。李部长告诉尚尔芸，秦风和陈天浩已经在他的默许下被黄文政抓捕，为了顺利救出二人，李部长定下计策，要求尚尔芸和他共演一场戏。尚尔芸答应了。黄文政听说部里抓到了秦风的女朋友，马上审讯尚尔芸，想从尚尔芸的口中找出秦风所指证据的所在。但尚尔芸除了替秦风开脱之外，什么都没说，黄文政无计可施，决定利用尚尔芸，重新从秦风身上入手。黄文政步步紧逼，秦风依然安然不动。黄文政继续威逼利诱，声称只要秦风揭发陈天浩，他和尚尔芸两人就可以无罪释放。秦风见尚尔芸也被牵连入狱，心中痛苦不已。但为了背负的事业，还是咬紧了牙关，忍住不说。李部长开始实施自己的计划，将黄文政一步步引入圈套。得意忘形的黄文政果然放松警惕，开始踏入了李部长精心设好陷阱。深夜，前指军事会议的重要决定经由国民党的电台传了出去。