共28集
电视剧《眼中钉》讲述的故事发生在1947年。故事主人公秦风和白雪是一对恋人，秦风在共产党组织的反对蒋家王朝的学生运动中表现出色，被他的老师，中央地下党的领导人陈天浩吸收入党，并派往敌人的心脏从事党的地下工作，最终成为一名出色的特工。由于隐蔽工作的特殊性，秦风只能不辞而别。刚怀孕的白雪此时家破人亡，走投无路，无处安身，只好不明就里地接受姑姑——国民党军统的王牌特工的安排，参加了国民党军统的特训班。在生下儿子后，又派往国外训练，后以进步青年的身份潜入我解放区，成为解放军的一名干部，代号“银狐”。在一场关乎中国解放进程的战役前夕，国民党军统特务头子派遣白雪来到滨江，目的是摸清我军主攻方向，刺探我军情报。此时，秦风调回解放区，肩负着破获以“银狐”为首的敌特组织的重任。一对恋人在分别六年后，终于相见。秦风怀着深深的内疚，面对白雪的冷漠，依旧想唤起白雪的爱情。秦风炽热的爱慢慢熔化着白雪，白雪的信仰在摇摆、在改变。特务头子，白雪的姑姑察觉后，利用白雪的儿子要胁，迫使白雪走上继续与人民为敌的道路，最后被秦风击毙。一对生死恋人，两个高级特工，情仇交织，斗智斗勇。不同的信仰决定了两个人不同的命运。这是一部中国版的《史密斯夫妇》。
黄文政急于处决陈天浩和秦风等人，在保卫处全体会议上下达枪决两人的命令，众人震惊，但无法阻止。机要处众人得知秦风将要被处决的消息，暗中难过，为避免白雪痛苦，大家瞒着白雪。白雪去李部长处送文件，发现自己寄给李部长的信被淹没在成堆的文件里。见四下无人，白雪将信抽出来放在了显眼的位置。李部长回来看到信件，打开一看，发现里面的照片，通过仔细察看，终于发现照片中的人是谁。国民党军队因三番五次的假情报受到重创，保密局将矛头指向Y。何崇儒报告银狐来电说Y有问题。局长下令立即查明。白雪与孙医生接头，猜测Y已经暴露，共产党已经开始寻找银狐。孙医生表示一旦发现异常马上干掉Y。李部长电传鲁大成和周建华到保卫处了解情况，周、鲁二人说出自己的想法，认定陈天浩不可能是叛徒。李部长向二人表明真正的特务其实是黄文政，也就是大家一直在追查的 Y。为了继续追查银狐，李部长命令周鲁二人二十四小时密切监视黄文政。认为时机已到的李部长向黄文政下达命令，暂缓执行陈天浩等人的枪决。白雪和孙医生接头，孙医生向白雪透露黄文政就是代号为Y的特工。并告诉白雪最近国民党保密局接到的情报都是共产党利用Y来迷惑他们的假情报。而且，自己明天将去与黄文政见面。白雪认为接头地点不够安全，心有担忧。但孙医生似乎另有安排。白雪决定实施自己的计划。白雪利用总机班的小齐，去接头地点混淆监视人员的视线，为孙医生争取到离去的机会。孙医生发现小齐，未与黄文政接头，直接离去。黄文政逼迫王玉展去取真情报，并夜审余震江，示意余震江当夜逃走。余震江感激万分回到牢房，按照黄文政的指示，连夜逃出，却被击毙灭了口。李部长故意把最新情报透露给黄文政，黄文政再次要求与孙医生见面。孙医生到达见面地点时，发现了监视人员，立刻原路返回，二人接头又是未果。王玉展送来真情报，黄文政决定最后一搏。约孙医生再次见面。黄文政在押送陈、秦等人的车上装上了炸药陈天浩、秦风等人如期被押上军车，就在押送车辆出发不久，押送陈天浩等人的车辆在路上发生了大爆炸。