该剧根据古籍《山海经》和民间故事改编而成,通过一个“花——如何生在人间”的美妙传说,将我国古代“女娲补天”、“后羿射日”、“夸父逐日”、“仓颉造字”、“神农尝百草”等上古神话和传说贯穿在一起,讲述了一个关于中华民族人文始祖盘古开天地后,人间部落因争斗产生瘟疫,为寻求战胜瘟疫的办法,玉帝之妹花神和神农(炎帝)经历千难万险,远走五岳天池,寻求净土真水,最终用天庭的种子让鲜花开满人间、解救人类苍生、人类自己能主宰自己命运的英雄故事。
太古城各族要找高族算账,逼迫高绝处置花神等外来人。事态即将无法控制,黄帝赶到寻找神农。黄帝的出现惊走了太古城各族人。
龙太子发现若兮的手镯是花神之物,遂匿名送信勒索净土。花神想救若兮,着急上古之瓶的下落。神农从蛛丝马迹中发觉,上古之瓶在赵首领手中。
不甘心的赵首领让管家以上古之瓶为礼物,向蚩尤报信。蚩尤领兵前来围困了太古城要抓住黄帝。神农出面劝退蚩尤,并意外得到上古之瓶。
花神等人从龙太子手中救出若兮。黄帝负伤,神农答应黄帝照顾若兮的要求。