该剧根据古籍《山海经》和民间故事改编而成,通过一个“花——如何生在人间”的美妙传说,将我国古代“女娲补天”、“后羿射日”、“夸父逐日”、“仓颉造字”、“神农尝百草”等上古神话和传说贯穿在一起,讲述了一个关于中华民族人文始祖盘古开天地后,人间部落因争斗产生瘟疫,为寻求战胜瘟疫的办法,玉帝之妹花神和神农(炎帝)经历千难万险,远走五岳天池,寻求净土真水,最终用天庭的种子让鲜花开满人间、解救人类苍生、人类自己能主宰自己命运的英雄故事。
花神猜测玉帝可能去找黄帝,赶到轩辕部落却发现不仅没有玉帝下落,黄帝也得了怪病,昏迷不醒。花神让朱雀找来神农,神农也无能为力。黄帝已死的谣传四起,不少部落发生叛乱。句芒带来了红姑娘的消息。
花神见到身受重伤的红姑娘。红姑娘把自己知道的关于魔帝的信息告诉了花神。句芒和赵公子要为死去的红姑娘报仇。花神从红姑娘留下的地图上发现魔帝可能在勾漏山。
魔帝找到妄图控制真水的共工,收服了共工。花神带人来到勾漏山打探情况,遇到一路追踪逢蒙的后羿。