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机密单位301研究所研发的新型深潜器在三岛市下水试验，实验过程连续遭遇泄密事件。三岛市国安局接到任务，60天内侦破此案。“坏小子”洪少秋和“女汉子”叶焓成立专案组，开始了跟敌人的博弈。办案过程屡屡遭遇意想不到的阻碍，洪少秋和叶焓也因彼此性格、做事方法的迥异而矛盾重重。专案组刚刚成立的第二天，就被D国“间谍王”比目鱼逼入绝境，断掉了一切线索。洪少秋把侦破视角转到了一个把他从小养大的地方——301研究所。在经过了情感与理智的搏斗之后，洪少秋终于抓出了内鬼，同时也收获了叶焓的信任。一个叶焓的“运用人”高一天意外出现，给整个侦破带来意想不到的转机，而就在一切都向着光明推进之际，终于发现了隐藏在最深处的“那双眼睛”。
叶晗让专案组的人给五个人每人一张纸一支笔，让他们写下今天发生的每个细节。叶晗找到了申处长再次还原当时办公室里发生的事情，叶晗初步判断，商菲菲具有重大嫌疑。洪少秋虽然离开了301，却还是没有放弃案情，和叶晗一样，将目标锁定在商菲菲身上。
肖卫从商菲菲的办公室回来，发现商菲菲的包里有着药物，是给怀孕者服用的，另外商菲菲的包里还有一张心理医生的名片，通过电话询问，商菲菲已经接受心理治疗两年了。叶晗亲自来到商菲菲所在的房间，和商菲菲进行面对面交流。商菲菲拒绝回答衣服的问题，她和龚怀远之间的确有问题，可是她在很努力的挽留这份婚姻。
当时商菲菲刚进301，还不知道龚怀远是谁，商菲菲被人轻薄的时候，是龚怀远救了她，两人因此成为无话不说的好朋友。龚怀远是农村出来的，靠着自己的努力上了名牌大学，但是他每当看见骄傲的男孩自信的女孩，他都会不由自主地自卑。商菲菲很努力的去拉近两人之间的距离，可是商菲菲却发现，两人的关系越来越冷淡。商菲菲父母的排斥，商菲菲前男友的出现，都让龚怀远变得冷淡，为了他心里的自尊心，不再信任龚怀远。
商菲菲生日的时候，收到一束玫瑰花，她误以为是龚怀远送的，一直开心的抱在怀里，直到龚怀远让他不要把别人送的东西带回家，她才知道这是自己的前男友送的。商菲菲找到她的前男友，和他讲明自己和龚怀远的处境，她的前男友没有纠缠，只要了一个告别拥抱，却被龚怀远见到了，龚怀远没有吭声，转身离开了。
商菲菲怀孕了，可是时间很不凑巧，这个孩子的到来不是龚怀远期待的，为了不给龚怀远压力，商菲菲去医院做了人流，并骗龚怀远孩子不健康医生建议做的人流。龚怀远没有怀疑，如释重负的松了口气。后来商菲菲才发现他在乎的不是别人的眼光，而是他心底的自尊心。事后不久，两人结了婚，商菲菲力排众议嫁给了龚怀远。
婚后的生活没有商菲菲想的美好，但是她骄傲的性格不允许她接受一段失败的婚姻，所以她努力地维持着这份婚姻，和所有人炫耀她的东西都是龚怀远买的，告诉所有人她的选择没有错。直到两年前，龚怀远因为喝醉酒吐露了心底的自卑以及对商菲菲的不信任，商菲菲受了打击，才会去做心理辅导。
商菲菲的证词没有问题，还牵扯出了一段琐事，那她不是内线吗？叶晗不敢妄下定论，让商菲菲继续待在房间里休息。叶晗从张西洋的证词也推测出申处长同样拥有作案时间，张西洋得知硬盘里的内容可能是海隆号的数据，情绪有些激动，当得知申处长具有嫌疑时，很肯定的恶否定了。301的前身是造船厂，申处长一家都是301 的老人，申处长的成长史就是301的成长史。
叶晗问起刘进关于申处长的事情，意外得知二十多年前，申处长的爸爸是当年造船厂的老司炉工。当年申父就死在了那场造船厂爆炸的事故里，刘进对申父的态度有点激愤，直言申父是当年事故的罪魁祸首。事故发生在晚上，当时究竟发生了什么谁都不知道，但是刘进一口咬定申父晚上偷懒将火炉的水烧干，气压不断上升才会发生的爆炸。
洪少秋被停职以后回了家煲汤，遇到了送张夫人回家的高一天，脸色有些不虞，故意支开高一天问起张夫人关于二十多年前事故的现场，得知申父死后手里还紧紧的捏着阀门。