共30集
机密单位301研究所研发的新型深潜器在三岛市下水试验，实验过程连续遭遇泄密事件。三岛市国安局接到任务，60天内侦破此案。“坏小子”洪少秋和“女汉子”叶焓成立专案组，开始了跟敌人的博弈。办案过程屡屡遭遇意想不到的阻碍，洪少秋和叶焓也因彼此性格、做事方法的迥异而矛盾重重。专案组刚刚成立的第二天，就被D国“间谍王”比目鱼逼入绝境，断掉了一切线索。洪少秋把侦破视角转到了一个把他从小养大的地方——301研究所。在经过了情感与理智的搏斗之后，洪少秋终于抓出了内鬼，同时也收获了叶焓的信任。一个叶焓的“运用人”高一天意外出现，给整个侦破带来意想不到的转机，而就在一切都向着光明推进之际，终于发现了隐藏在最深处的“那双眼睛”。
自从龚怀远帮忙偷了样本，事情就都变了。钱守成和黄薇薇借着感谢龚怀远的由头，将他带到了地下D场，还把龚怀远灌醉了，等他一觉醒来，发现自己的身边正躺着一个赤裸的女人，此时的他还只是单纯的以为自己喝醉犯了错。可是，黄薇薇的一个电话打破了他所有的幻想。黄薇薇像是变了一个人，她要求龚怀远继续帮他们做和之前偷取钢材样本的事情，龚怀远拒绝了，黄薇薇却肯定龚怀远会答应。
龚怀远挂断电话之后，才后知后觉的发现躺在床上的那个女子已经死亡。黄薇薇再次打进电话，告诉龚怀远，如果他愿意帮忙，那么他可以毫无后顾之忧的离开，可如果龚怀远不答应，那么会发生什么谁都不知道。
龚怀远答应了，而很快他就收到了新的任务，再次偷取特种钢材。龚怀远惊恐的发现自己的一举一动都在对方的监控里，当时龚怀远脑海里只有一个念头，把他们找出来，和他们同归于尽，可是他们像是人间蒸发一样，龚怀远这个时候才意识到自己掉进了一个陷阱里，他宁愿自己是做了一场噩梦。
洪少秋把钱守成的画像给龚怀远识别，龚怀远认出他就是自己口中的“刘哥”，叶晗让他时候绘制出黄薇薇的容貌。关系破裂后的一年，黄薇薇的态度突然缓和，他们希望龚怀远可以帮自己在301安插内线。龚怀远锁定的第一个目标就是刘子岸，刘子岸这个人好高骛远，对301和刘进有着强烈的不满，是个被301彻彻底底遗忘的人。第二个是蒋文锁，蒋文锁这个人风趣幽默，和所有人都能达成一片，但是没有人知道蒋文锁的日子其实过得很清苦，他的儿子没有出息，妻子生着病，是301里面生活最困难的人。龚怀远锁定目标以后就后悔了，但是他没有选择的余地，他怕伤害到商菲菲，所以他只能选择把其他人推出去当替罪羊。
当时的龚怀远并不知道他们要这两个人干嘛的，直到一个月前，他才知道对方指使刘子岸去偷取刘进的密钥，让蒋文锁去偷取张西洋的密钥，因为只有三把密钥才能偷海隆号的所有数据。龚怀远没有亲自去偷取商菲菲的密钥，而是在得知黄薇薇是用汤姆猫的声音联系刘子岸以后，同样利用汤姆猫的声音控制刘子岸，指使他给自己送一箱带有安眠药的牛奶，骗商菲菲喝下以后，龚怀远自己也假装熟睡，等刘子岸成功偷取密钥以后，自己替他做了收尾工作。这样的话，就算刘子岸暴露，他也只会以为是自己偷取了商菲菲的密钥。但是龚怀远没有想到刘子岸会自杀，这样洪少秋和叶晗很惊讶，因为刘子岸并非自杀。洪少秋再三质问龚怀远是否把自己知道的所有事情都交代了，龚怀远再三保证自己已经把所有知道的事情都交代了出来，洪少秋和叶晗没有继续追问，而是离开了审讯室，让龚怀远休息一会。
如果龚怀远否认，那么张西洋办公室偷换硬盘以及婉瑜的死都是谁做的？洪少秋带着叶晗来到一个房间，肖卫从申处长那里拿来了两个月来龚怀远进出办公室的监控记录。叶晗是技术精英，很快就发现了其中一段视频有出入，她马上就安排米小冉去301数据库终端分析出进出档案，尽快找出问题所在。