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一九三八年,在抗日战争、国共合作背景下,蒋介石听信谗言授命西安特务组织,密裁第十八集团军高级参议、中共党员宣侠父,此举引发中共强烈抗议。迫于舆论压力,国民党被迫在西安成立破反专署,调查宣侠父失踪案。中共地下党员、原中统特工武仲明,成为国共双方共同认可的破反专员。武仲明领衔的破反专署,集结了西安军、警、特和八路军西安办事处各路人马,敌中有我,我中有敌,错综复杂,调查之旅甫一启程即步步陷阱、危机四伏!武仲明彻查宣侠父案两个月间,不仅是刀锋上的对决,也是人性的较量。在地下党组织引领下,正义同道前仆后继追寻下,武仲明终于查明真相,拿到了密裁宣侠父手谕。迫于证据确凿,蒋介石不得不向中共认账,自吞苦果!
白牡丹的供词涉及到中共,因此中共必须加入审讯,为了避嫌,武仲明没有去接触中共,而是由蒋敬文派了蒋宝珍去八办与云处长见面。蒋宝珍到了八办后受到了热情的接待,蒋宝珍将白牡丹的供词说出来后,云处长立刻去进行了核实和调查。
白牡丹果然是接受过专业训练的间谍,无论武仲明如何审问,白牡丹是滴水不漏,甚至武仲明跟白牡丹说起一代菊剑那个潜伏在自己身边的日本女特务吴卫华时,白牡丹还是顽固抵抗,坚持表明自己是中共,武仲明又跟白牡丹说起了包括吴卫华在内众多菊剑特工的遗言,白牡丹的脸色有些变化,可是很快她就调整过来,继续离间国共之间的关系。见白牡丹如此难缠,武仲明便请出了另一位主审云处长,在云处长面前,白牡丹还在顽抗,可惜云处长已经调查清楚白牡丹的真实身份,白牡丹并非白牡丹,而是真正白牡丹的姐妹小来凤,她暗害了真正的白牡丹冒充了她的身份。没想到的是真正的白牡丹并没有死,而且云处长找到了她。面对真正白牡丹的指控,小来凤无力挣扎。
铲除菊剑本是一件大喜事,可是不曾想蒋敬文借口日特猖獗,准备搁置宣案,让破反专署全力铲除日特,这引起了八办相当的不满。云处长一直想要见武仲明,但没能成功,这也是武仲明自己的意思,而且铲除菊剑后,武仲明努力将师应山从这些是非中择出来,目的是为了不想牵连到他。
日特小来凤面对指控无力回天,她也向武仲明说出了自己的遗言。其实她并不是日本人,而是一位满清皇族,名叫金光洁。为了光复大清,她从小就在日本接受魔鬼式的训练,历经千难万难,却最终葬送在了这里。金光洁很遗憾,如果不是宣案,菊剑克星武仲明也不会重新出山,菊剑的命运也可能因此而改变。金光洁被铲除,蒋夫人也原谅了蒋敬文重新回来了。而武仲明则拟定了两篇报告,将金光洁的案子中蒋敬文的好女色引狼入室的过失进行了回避,不仅如此,报告中还将提及蒋宝珍派宋妈监视白牡丹,宋妈因此被害。蒋宝珍因此晋升,而宋妈也被追认忠烈。武仲明的做法让蒋敬文大加赞赏,也向上级着重推荐嘉奖武仲明等人。
因为剿灭菊剑有功,武仲明被晋升为上校,而师应山则被提拨为了副局长。不过升职并没有让师应山很开心,此时的他非常想念死去的兄弟石孟。武仲明让师应山离开破反专署,但是师应山没有照做,反而更加坚定了他查宣案的决心,更坚定的让手下去寻找洪老五的下落,除此之外,师应山还主动请令上调破反专署帮助武仲明,这让武仲明实在想不到。有功必有过,武仲明向蒋敬文提议徐亦觉功过相抵,而刘天章是基地被炸的泄漏源,应该追究责任,不过刘天章的罪行需要上报中统总局才能做出决定。
刘天章似乎已经意识到自己的处境不佳,于是他立刻派人处决了一部分在押的中共分子,处决令里竟有罗子春的名字。中统的人买通了侯文选,让杀手进到了关押罗子春的牢房,罗子春没有防备被杀手捅了一刀,不过幸好罗子春身手不错,张手反杀了杀手。