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反恐特战队队长钟原在执行任务中，击毙猛犸组织二号人物引来复仇。在解救妻子赵欣的行动中钟原被注射病毒倍受折磨。DK生物公司董事长江寒邀请初恋情人、生化专业高材生的赵欣及其父亲参加公司“有益菌”研究。反恐指挥中心根据T国请求选派“专家”潜入公司。痛失爱子的赵欣主动请缨“退出现役”、深入虎穴。接二连三的恐怖事件，使“新纪元计划”逐渐浮出水面。被病痛折磨的钟原率领乔大鹏、麦萌萌等特战队员绝地出击，在爱妻赵欣和五年前“失踪”的战友陆豪的配合下，成功粉碎了恐怖组织连环阴谋和生化袭击，揭开了江寒以“有益菌”为载体制造病毒的真实面目。
海瑟薇为了逃避已经发生的一切，暂时离开了李大卫。这天，她听到敲门声，原来是QF公司派来的人，他说，海瑟薇如果不把剩下的钱款交清就要用L系列的研究成果来抵押，海瑟薇拒不接受，并且表示自己什么都不要了。可是对方显然不准备这么轻易放过她，非要逼她签字。这时，尚征突然持枪出现在屋子里，海瑟薇害怕之余也有意外。尚征开枪打死了QF公司派来的人，海瑟薇以为他下一步要杀的人就是自己，惊骇至极。尚征告诉她，她还有价值所以自己暂时不会杀她，并且要求她给李大卫打电话。海瑟薇拨通了李大卫的电话，李大卫恳求她赶紧回来，自己不能失去她。这个时候海瑟薇才意识到李大卫有多爱他，可是她已经不能回头了。
指挥部。指挥长和参谋长自从知道江寒就是真正的惊雷之后，重新梳理了MVC组织参与的恐怖行动，得出了一个重要结论，从鹏鹏的死亡到赵欣被绑架再到钟原被注射病毒，以及后来Z9系列的研究，这一切的一切都是江寒精心策划的。因此，指挥长将重点监视的对象从尚征转移到了江寒。另一方面，由于钟原注射了Z8，体内的病毒已经被暂时压制住了，所以指挥长批准他归队。
另一边，神鹰特战队和猎影特战队展开了对抗演练，双方的战斗非常激烈。经过一番较量之后，猎影特战队救出了作为人质的麦萌萌，并成功俘虏了神鹰特战队的队长，就在大家放松警惕的时候，对方一名埋伏的队员突然出现，干掉了猎影特战队所有人。猎影全军覆没。
演练结束后，麦萌萌一个人躲在河边哭泣，因为她很内疚，觉得是由于自己的因素才导致猎影输给了神鹰。乔大鹏过来安慰她，言语之间爱慕之情显而易见。可是麦萌萌并没有回应。乔大鹏走后，田克楠问麦萌萌是不是因为心里有人了，所以才不能接受乔大鹏。麦萌萌没有告诉她自己喜欢的是谁，只是说自己等的那个人可能一辈子也不会出现。另一边，周扬他们给乔大鹏出主意让他主动追求麦萌萌，在他们的怂恿之下，乔大鹏行动了。
这边，赵欣在做实验的时候，钟原打来电话，电话中钟原说一直提醒赵欣注意身体，并且言语中满怀对孩子出生的期待。赵欣听到这儿，不忍再听下去于是挂断了电话。但是钟原的话一直在她脑海中盘桓，她不知道如何面对钟原。由于一直想着别的事，一个分神就不小心打翻了器皿导致实验室失火，火势巨大，赵欣也晕倒在实验室，幸好胡可及时发现不对劲，然后将赵欣救出来。收到消息的江寒匆忙赶来，赵欣将孩子的事告诉了他，江寒劝说赵欣将实情告知钟原，不要继续瞒着他，这种事情两人应该一起分担。赵欣被他说动，打算找个合适的机会将孩子的事告知钟原。在回去的车上，赵欣鼓起勇气拨通了钟原的电话。