共49集
反恐特战队队长钟原在执行任务中，击毙猛犸组织二号人物引来复仇。在解救妻子赵欣的行动中钟原被注射病毒倍受折磨。DK生物公司董事长江寒邀请初恋情人、生化专业高材生的赵欣及其父亲参加公司“有益菌”研究。反恐指挥中心根据T国请求选派“专家”潜入公司。痛失爱子的赵欣主动请缨“退出现役”、深入虎穴。接二连三的恐怖事件，使“新纪元计划”逐渐浮出水面。被病痛折磨的钟原率领乔大鹏、麦萌萌等特战队员绝地出击，在爱妻赵欣和五年前“失踪”的战友陆豪的配合下，成功粉碎了恐怖组织连环阴谋和生化袭击，揭开了江寒以“有益菌”为载体制造病毒的真实面目。
肖恩以为这次的绑架事件是巴摩尔派陆豪秘密去执行地，心中极为不忿的他找到陆豪吐酸水。刚好陆豪也正怀疑肖恩，听他这么一说，陆豪顿时明白了过来。他冷冷地告诉肖恩并不是自己做的，巴摩尔谁都不信。离开后的陆豪立刻跟参谋长通话，将这边的情况告诉他，并且推测这次的绑架应该是苏娅所为。
上次两人吵过架之后，赵欣就一直忙于工作没有回家，钟原担心赵欣但是又没有想好怎么去面对她，所以这些天一直悄悄跟踪赵欣，默默看着她。经过一番思虑，钟原回到家中，把行李简单地收拾一下后就搬到了基地宿舍去住。麦萌萌看到钟原搬到基地，就跑去问他原因，此刻正心烦的钟原无暇多说，猜到两人闹矛盾的麦萌萌就想将赵欣在DK做卧底的真相告诉钟原，但在最后的关头忍住了。还是气不过的她又跑到参谋长那里，参谋长告诉她，以钟原的为人来看，这么做肯定是为了保护赵欣，不让赵欣因为他的身份再次受到伤害。想通了的麦萌萌又再次回到钟原的宿舍，嬉皮笑脸的将他赶出去，然后帮他收拾起宿舍。
另一边，苏娅将绑架来的人质运送到猛犸组织基地，一直觉得亏欠妹妹的巴摩尔向她承诺，等到这次事情结束，就给她一大笔钱，让她和陆豪远走高飞。
另一边，巴摩尔命人立刻给人质注入病毒。晚上，苏娅满心欢喜地找到陆豪，让他猜自己这两天干什么去了，陆豪冷漠的告诉她自己早就猜到人质是她绑架的，并且她既然实质性地做了这种事，就再也不会自由了。离开后的陆豪立马着手调查，他通过定位找到了关押人质地方，搜查之后，在一间废弃的房子里找到了一只废弃针管，将针管包好后就起身离开。
指挥中心很快将废弃针管中的病毒成分分析出来，这种病毒是L2的升级版M4。参谋长分析，绑架人质，注射病毒都是在F国完成，但他们还缺少技术，赵欣，李大卫，胡可和赵教授都是合成病毒的关键人物。经过筛选，江寒很有可能以工作的名义派胡可和赵欣去F国。
接到鹰巢的命令，麦萌萌假扮成出租车司机接走刚下班的赵欣，贴身保护她的安全。回到家后，赵欣发现钟原并不在家，她打电话给麦萌萌，经过确认后，赵欣急忙赶往钟原的宿舍，看到正在吃泡面的钟原，赵欣又是心疼又是生气。她质问钟原为什么不回家，钟原只淡淡地说了一句“我们离婚吧”。听到这句话，赵欣伤心地夺门而出。
另一边，江寒叫来赵欣，果真以研究的名义安排她去F国。正当江寒详细介绍情况时，赵欣却跑神了。江寒追问赵欣为什么心不在焉。为了避免引起江寒的怀疑，赵欣将钟原要和她离婚的事告诉了他。江寒表示自己要找钟原谈谈。
这天，钟原正在训练，守卫告诉他一个叫江寒的人来找他。心中早就恨透的钟原来到门口，内心早就掀起了惊涛骇浪，面上却什么都不显。江寒看到钟原后表示要找个地方和他好好谈谈。拒绝多次后江寒依旧态度坚决，钟原只好同意了。来到一个僻静的地方后，江寒问钟原为什么和赵欣离婚。钟原说自己不想再拖累她。整个过程，钟原假话一句没有，真话一句没漏。心平气和地和仇人谈话。
另一边，胡可找到赵欣说要约她在路边的咖啡厅，有要事相商。赵欣欣然同意。