共49集
反恐特战队队长钟原在执行任务中，击毙猛犸组织二号人物引来复仇。在解救妻子赵欣的行动中钟原被注射病毒倍受折磨。DK生物公司董事长江寒邀请初恋情人、生化专业高材生的赵欣及其父亲参加公司“有益菌”研究。反恐指挥中心根据T国请求选派“专家”潜入公司。痛失爱子的赵欣主动请缨“退出现役”、深入虎穴。接二连三的恐怖事件，使“新纪元计划”逐渐浮出水面。被病痛折磨的钟原率领乔大鹏、麦萌萌等特战队员绝地出击，在爱妻赵欣和五年前“失踪”的战友陆豪的配合下，成功粉碎了恐怖组织连环阴谋和生化袭击，揭开了江寒以“有益菌”为载体制造病毒的真实面目。
赵欣谈话失败，但将心比心，她认为李大卫的顾虑并非毫无道理。回放录音，陆长风和常建安开始分析李大卫的心理，认为他是敬重同行的那一类科学家，应当对症下药。
赵欣指出，李大卫不同意交出方程式很可能是因为自己分量不够，被怀疑会拿方程式用于不法途径。陆长风听出赵欣是想让赵剑平出马，但他不同意在牵扯进钟原夫妻之后再把赵欣的父亲也牵扯进来。常建安同意陆长风的看法，想再找别的机会向赵剑平挑明。
胡可在家中晾衣服，透过阳台看到尹菲菲正在朝自己家中赶来。他怕自己又承受不住试探，赶紧给赵欣打电话让她往这边赶来。尹菲菲来到楼下，想起那晚江寒嘱咐她必须跟人说这三天江寒都跟自己在一起的事情。她进到胡可家里，称这次是为自己前来，询问他江寒是否也参与了绑架案。胡可说此事已经结案，是尚征做的，不愿多透露。赵欣赶来之后，尹菲菲便起身走了。
胡可向赵欣汇报情况之后，无意间问起李大卫的事情。赵欣说事情确实有些麻烦，可能必须要赵剑平教授出面才行。她让胡可不要多想，随后赶去公司，以免时间太久引起江寒怀疑。胡可在赵欣离开后，给赵剑平打去了电话。
晚上，尹菲菲跟江寒说没有发现胡可有什么异常。但江寒还是安排她过几天再去一趟，尹菲菲站在门后，不禁有些真的怀疑江寒。
赵剑平接到胡可电话后，主动找赵欣带他去看看常建安指挥长。赵剑平表示自己不希望自己的学生干出伤天害理的事情，问江寒到底离谱到了什么地步。常建安把实情说出，赵剑平十分震惊和痛心。他作为一名党员，主动要求分担任务。常建安便提出了要他说服李大卫配合工作的请求。
赵剑平一口答应下来，让赵欣带自己去见李大卫。李大卫正在写方程式，明确表示自己不想见任何人。赵剑平上前与李大卫争论起方程式的问题，引起李大卫的注意后，二人转到实验室继续争讨。
二人有种相见恨晚的感觉。赵欣评价说生物学界二十年都未解决的问题，这下都被他们解决掉了。李大卫十分高兴，说当晚要与赵剑平好好聊聊，第二天就会告诉他们方程式的事情。
麦萌萌告诉赵欣，钟原就在楼下照顾乔大鹏，问她要不要下去见见钟原。赵欣说她跟钟原已经离婚，除非绝对安全，不然不会与钟原见面，以免被江寒知道后功亏一篑。麦萌萌下楼替换钟原，但钟原最终还是没有找赵欣。
赵剑平拿着结果出来，说李大卫在逼迫之下给了江寒两个方程式，一个是M4的方程式，另一个是可以将Z9与L2病毒在人体内产生的抗体与M4进行结合、产生出新的超级病毒的方程式。李大卫没有危言耸听，这种病毒确实比埃博拉病毒的传播率与死亡率高。
赵欣接到麦萌萌电话，告诉她结果已出，要她派车把赵剑平和李大卫送回去。她立即回队向常建安和陆长风汇报情况，他们分析惊雷向钟原体内注射L2的目的就在于形成新的蛋白质，以供超级病毒的研究，环环相扣，十分阴毒。
常建安让赵欣回去，跟陆长风一起讨论江寒的真实目的。江寒的目的就在于，如果病毒在全球扩散，那么MVC的药品不论标价多少都有人购买。他们决定向江寒透露Z9即将研制成功的消息，这样的话江寒很快就会有下一步行动。
另一边，周扬和田克楠接到了刘蒙的父母。有了家属签字，郑医生很快就给出了尸检结果。田克楠让周扬先照顾一下刘蒙的父母，自己急匆匆地跑了出去。
船上的父女救下了刘浩，准备报警。刘浩让他们不要报警，并给了他们杜副局长的电话，要他们给那边打电话告知。但是因为语言不通，杜副局长并没有得到有用信息。他挂掉电话后，立刻通知了陆长风。