共32集
《孤军英雄》主要讲述的是1942年，江南新四军与旧、日伪进行着残酷的战斗，国民党军队环伺左右。国民党将军郝俊杰（李雪健 饰）预料到数年后国 共必有一战，便策划实施了借用一支向新四军投诚的汪伪部队，从内部一举打垮江南新四军的“金太阳计划”。即设法指使汪伪部队的独立团投诚新四军，再利用潜伏的卧底挑起内战，并最终利用日本人的力量一举消灭新四军。剧中主人公车道宽(胡军饰演)作为新四军的基层指挥员，为了获取金阳计划的内幕，挖出特务，孤军一人在日军、伪、国中间周旋。他出奇制胜、不惧牺牲，与战友们一起彻底粉碎了敌人的阴谋。当这个设计周密、异常凶险的危机袭来的时候，新四军指挥员车道宽（胡军 饰）以超乎常人的警觉性和果敢的行动，一步步识破了敌人的阴谋，最终带领战友们杀出血路，在千钧一发之际改变了战场格局并获得了胜利。该剧剧情悬念不断，高潮戏纷至沓来。七十余个剧中角色皆有实力演员担纲出演。
方昭武在张成良面前说明了于晨露和车道宽的关系，他说完后有些后悔，他担心郝俊杰会做出不利于车道宽的事情，余下甄别卧底的工作将由车道宽艰难地完成。方昭武向郭世文谈起车道宽查询卧底之事，他请求他在不相信的时候还要相信他，并在一旁尽力保护，郭世文保证完成任务。方昭武向张成良交待一定不要让31团人去延安，还让他要照顾好车道宽。张成良等方昭武走后开始整治车道宽，郝俊杰为除去车道宽准备了好几个方案，他在等待卧底的消息。
王文烈将军分区的命令拿给车道宽，命令是让他复员回家，王文烈希望他走的越远越好，还交一些大洋交到他手上。车道宽收下大洋后坚决不离开部队，王文烈向他说起那封电报的严重性，他这样做也是想保护车道宽。车道宽不害怕危险，王文烈给军区打报告让他留在一团，这让车道宽警惕起来，他感觉肯定是出事了。郝俊杰出招了，特务在夜里闯入根据地，死者身上发现字条和车道宽有关，白晓玲确认了车道宽的笔迹，江南分区张成良收到组织上来信。
张成良找王文烈谈话，他拿出上级的文件给他看，他想让车道宽去江北军区说清楚。张成良见到葛存金后向他问起抓获特务的经过，还向他问起车道宽的为人，葛存金的话让张成良高兴起来。赵将军没想到郝俊杰在短时间内训练出一支特工部队，郝俊杰就是想让新四军认为卧底就是小人物，还想救出左玉琨并伤害到车道宽。
被关押起来的大烟鬼和左玉琨取得联系，张成良不能让左玉琨这样的特务嚣张起来。左玉琨在被审问时认出纸上是于晨露的笔迹，大烟鬼承认那字条上的字是郝俊杰写的，左玉琨交待车道宽清楚于晨露和郝俊杰的关系。郝俊杰的出招见成效了，张成良命人将车道宽关押起来，他又向独立团的战士们了解起车道宽的情况。
针对车道宽的调查开始了，车道宽在独立团的绝对威信被张成良误解为独立团是车道宽个人的部队。爱哭的周瑞成听到车道宽的消息后哭起来，其他人纷纷表示抗议，张成良无法理解独立团战士对车道宽的感情，郭世文从一旁加以解释。张成良认为现在的独立团是车道宽老丈人的部队。