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《大明医圣李时珍》讲述了我国明朝伟大的医药学家李时珍（公元1518年-1593年）富有传奇色彩的一生和跌宕起伏的情感历程。正德十六年，武宗驾崩，朱厚熜即位，建元嘉靖。李言闻被封为太医院吏目。李言闻好友吴药师因治错小郡主的病，被关入牢中。吴药师临终托孤，将女儿吴斯语许配给李时珍。长大后李时珍进阳明书院学习，和荆王府世子朱成翊成为同学。朱成翊希望拉拢李时珍为自己所用，却被李时珍严词拒绝。朱成翊遂与李时珍成了死对头。李时珍偶遇一个美丽的少女朱苌葶，却发现她脉象异常，命不久已。李时珍给她治疗多年顽症，两人产生爱慕之情。一次偶然的机会，李时珍发现少女居然是荆王府郡主。李时珍希望能考取功名，得个一官半职，与苌葶也不是不可能。朱成翊得知李时珍赶考，便派人买通主考官。李时珍被考官诬陷舞弊，赶出考场。李时珍心结郁积，一病不起。苌葶暗中派人送信与李时珍商量私奔，得不到任何回应，失望之余病情加重，也卧倒不起。荆王急忙下令要李言闻替女儿看诊，可是李时珍命在旦夕，李言闻根本无法离开。危急时刻，斯语出面坦承自己的药膳是治疗郡主的关键，立下生死状，进入荆王府救治苌葶。成翊要求斯语留在自己身边，在王府享受荣华富贵，被斯语拒绝。李时珍终于和斯语完婚，并且跟随父亲正式开始行医。李时珍经过几轮考试，终于进入太医院。此时朱苌葶拜道士陶仲文为师，整日沉迷于炼丹食丹不能自拔；而蓝行义则和已成为杨妃的杨雪英勾结，利用所学医术，在后宫兴风作浪；朱成翊也来到京城，和严世蕃勾结一气；景王和裕王争夺太子之位，严嵩和徐阶两派政治斗争激烈。李时珍卷入这波澜诡谲阴谋重重的宫廷斗争之中……
李行义发现惠民局用假药除役，义愤填膺。李时珍得知瘟疫在整个蕲州蔓延，想请华南下山相救。华南似有隐情，不愿下山。李时珍无奈之下只身下山救助染病的百姓，就在李时珍与施舍假药的官员发生冲突时，华南突然出现，帮李时珍摆脱困境。没有阿胶，李时珍与华南用罗汉果研制出一种药有很好疗效，疫情得到有效的控制。
福成药行的何三一伙仿效李时珍的除役药丸，制假贩假，害死不少百姓，李行义与黄一丰决定要找到他们出售假药的把柄。李行义只身前往福成药行，发现那里正在大量制作假阿胶，不料被何三发觉打昏。当何三派人将昏厥的李行义拖至郊外的悬崖顶正准备抛下悬崖时，李行义被一直在暗中保护他的舅舅老焦相救。老焦带着李行义回到了久别的京城，从此，李行义在舅舅老焦的指引下踏上了一条复仇的不归路。