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《大明医圣李时珍》讲述了我国明朝伟大的医药学家李时珍（公元1518年-1593年）富有传奇色彩的一生和跌宕起伏的情感历程。正德十六年，武宗驾崩，朱厚熜即位，建元嘉靖。李言闻被封为太医院吏目。李言闻好友吴药师因治错小郡主的病，被关入牢中。吴药师临终托孤，将女儿吴斯语许配给李时珍。长大后李时珍进阳明书院学习，和荆王府世子朱成翊成为同学。朱成翊希望拉拢李时珍为自己所用，却被李时珍严词拒绝。朱成翊遂与李时珍成了死对头。李时珍偶遇一个美丽的少女朱苌葶，却发现她脉象异常，命不久已。李时珍给她治疗多年顽症，两人产生爱慕之情。一次偶然的机会，李时珍发现少女居然是荆王府郡主。李时珍希望能考取功名，得个一官半职，与苌葶也不是不可能。朱成翊得知李时珍赶考，便派人买通主考官。李时珍被考官诬陷舞弊，赶出考场。李时珍心结郁积，一病不起。苌葶暗中派人送信与李时珍商量私奔，得不到任何回应，失望之余病情加重，也卧倒不起。荆王急忙下令要李言闻替女儿看诊，可是李时珍命在旦夕，李言闻根本无法离开。危急时刻，斯语出面坦承自己的药膳是治疗郡主的关键，立下生死状，进入荆王府救治苌葶。成翊要求斯语留在自己身边，在王府享受荣华富贵，被斯语拒绝。李时珍终于和斯语完婚，并且跟随父亲正式开始行医。李时珍经过几轮考试，终于进入太医院。此时朱苌葶拜道士陶仲文为师，整日沉迷于炼丹食丹不能自拔；而蓝行义则和已成为杨妃的杨雪英勾结，利用所学医术，在后宫兴风作浪；朱成翊也来到京城，和严世蕃勾结一气；景王和裕王争夺太子之位，严嵩和徐阶两派政治斗争激烈。李时珍卷入这波澜诡谲阴谋重重的宫廷斗争之中……
李家医馆来了一位经过特殊打扮的不速之客，坚持要李时珍为她看病。李言闻叫来李时珍，来人露出真面目，原来是朱苌葶。李时珍见是苌葶拔腿便走，苌葶一路追出来，在街上长葶摔倒把脚扭伤，李时珍才心软地来扶起她，两人和好如初，约定等李时珍考取功名后再嫁他。
朝中大臣严蒿托人来荆王府为公子严世蕃说媒，这正中王妃下怀，世子和王爷、王妃一起向郡主苌葶施压，苌葶不为所动。王妃不得已答应女儿，如果李时珍考取功名，便同意这门婚事；如果李时珍考不中，苌葶便乖乖嫁到严家。李时珍去武昌参加乡试，偶遇楚王世子并与他结为至交。朱成翊为拆散李时珍和苌葶这对恋人，让何三想办法让李时珍落榜并身败名裂。