共47集
《大明医圣李时珍》讲述了我国明朝伟大的医药学家李时珍(公元1518年-1593年)富有传奇色彩的一生和跌宕起伏的情感历程。正德十六年,武宗驾崩,朱厚熜即位,建元嘉靖。李言闻被封为太医院吏目。李言闻好友吴药师因治错小郡主的病,被关入牢中。吴药师临终托孤,将女儿吴斯语许配给李时珍。长大后李时珍进阳明书院学习,和荆王府世子朱成翊成为同学。朱成翊希望拉拢李时珍为自己所用,却被李时珍严词拒绝。朱成翊遂与李时珍成了死对头。李时珍偶遇一个美丽的少女朱苌葶,却发现她脉象异常,命不久已。李时珍给她治疗多年顽症,两人产生爱慕之情。一次偶然的机会,李时珍发现少女居然是荆王府郡主。李时珍希望能考取功名,得个一官半职,与苌葶也不是不可能。朱成翊得知李时珍赶考,便派人买通主考官。李时珍被考官诬陷舞弊,赶出考场。李时珍心结郁积,一病不起。苌葶暗中派人送信与李时珍商量私奔,得不到任何回应,失望之余病情加重,也卧倒不起。荆王急忙下令要李言闻替女儿看诊,可是李时珍命在旦夕,李言闻根本无法离开。危急时刻,斯语出面坦承自己的药膳是治疗郡主的关键,立下生死状,进入荆王府救治苌葶。成翊要求斯语留在自己身边,在王府享受荣华富贵,被斯语拒绝。李时珍终于和斯语完婚,并且跟随父亲正式开始行医。李时珍经过几轮考试,终于进入太医院。此时朱苌葶拜道士陶仲文为师,整日沉迷于炼丹食丹不能自拔;而蓝行义则和已成为杨妃的杨雪英勾结,利用所学医术,在后宫兴风作浪;朱成翊也来到京城,和严世蕃勾结一气;景王和裕王争夺太子之位,严嵩和徐阶两派政治斗争激烈。李时珍卷入这波澜诡谲阴谋重重的宫廷斗争之中……
李时珍的好友黄一丰和玉兰结为了夫妻。李时珍心中念念不忘苌葶,当他偶尔从父母的谈话中得知他和斯语早有婚约时,便开始有意疏远斯语。
李行义受命修建炼丹房,乘机修建了从炼丹房直通嘉靖修道打坐秘室的通道,伺机复仇。嘉靖下诏召二百童女进宫献血作为药引,使第一批丹药很快炼成。就在李行义着手复仇计划的同时,被抽血的宫女们铤而走险也决定谋杀嘉靖。可是谋杀失败,参于谋杀行动的宫女全部被凌迟处死。李行义的复仇计划被搅,一个叫杨雪英的宫女在李行义的帮助下躲过劫难并与之相爱。