共47集
《大明医圣李时珍》讲述了我国明朝伟大的医药学家李时珍(公元1518年-1593年)富有传奇色彩的一生和跌宕起伏的情感历程。正德十六年,武宗驾崩,朱厚熜即位,建元嘉靖。李言闻被封为太医院吏目。李言闻好友吴药师因治错小郡主的病,被关入牢中。吴药师临终托孤,将女儿吴斯语许配给李时珍。长大后李时珍进阳明书院学习,和荆王府世子朱成翊成为同学。朱成翊希望拉拢李时珍为自己所用,却被李时珍严词拒绝。朱成翊遂与李时珍成了死对头。李时珍偶遇一个美丽的少女朱苌葶,却发现她脉象异常,命不久已。李时珍给她治疗多年顽症,两人产生爱慕之情。一次偶然的机会,李时珍发现少女居然是荆王府郡主。李时珍希望能考取功名,得个一官半职,与苌葶也不是不可能。朱成翊得知李时珍赶考,便派人买通主考官。李时珍被考官诬陷舞弊,赶出考场。李时珍心结郁积,一病不起。苌葶暗中派人送信与李时珍商量私奔,得不到任何回应,失望之余病情加重,也卧倒不起。荆王急忙下令要李言闻替女儿看诊,可是李时珍命在旦夕,李言闻根本无法离开。危急时刻,斯语出面坦承自己的药膳是治疗郡主的关键,立下生死状,进入荆王府救治苌葶。成翊要求斯语留在自己身边,在王府享受荣华富贵,被斯语拒绝。李时珍终于和斯语完婚,并且跟随父亲正式开始行医。李时珍经过几轮考试,终于进入太医院。此时朱苌葶拜道士陶仲文为师,整日沉迷于炼丹食丹不能自拔;而蓝行义则和已成为杨妃的杨雪英勾结,利用所学医术,在后宫兴风作浪;朱成翊也来到京城,和严世蕃勾结一气;景王和裕王争夺太子之位,严嵩和徐阶两派政治斗争激烈。李时珍卷入这波澜诡谲阴谋重重的宫廷斗争之中……
张惠妃来到杨敬妃禁宫嘲笑她的失败,结果反遭到杨敬妃的讥讽。李行义见到杨敬妃被软禁,心痛不已。
李时珍官复原职回到太医院。玉兰为了报复丁冬强告密,假装与他合作经营美容药膳。丁冬强上当,按玉兰给的秘方做出药膳送于严世蕃,结果害得严世蕃的小老婆满脸长豆,严世蕃大怒,将百珍斋砸了,丁冬强垮台。
徐阶、高拱来到裕王府,报告德安的景王府已完工,要想办法让景王尽快离开京城,好立裕王为太子。严世蕃则让景王说服皇上,以编修《本草》为名留在京城,寻找翻身的机会。