共48集
三国时期,战火纷起。年轻的华佗在家乡亳州给百姓看病,过着自由洒脱的日子。华佗妙手让太守女儿明心起死回生,获得了神医美名,也从此与明心结下不解之缘。为了研制麻沸散给明心治疗眼睛,华佗开始游历寻药。在都城,华佗与英雄关羽、曹操和师兄吴思德屡有交集,见识了官场险恶,世态炎凉。最让华佗痛心的是,心爱的姑娘明心惨遭吴思德霸占。在东吴山中,绝望的华佗受隐者指点,幡然醒悟,立志成为医人医心医国的苍生大医。赤壁之战,刮骨疗毒,秘境历险。任凭风吹雨打,从不曾改变拯救苍生的赤子之心。麻沸散的研制成功,也让华佗和明心的爱情修成正果,可就在幸福来临时,曹操因病、因疑、因恨抓走了华佗,这位行医济世、妙手回春的苍生大医逝于囚牢。
喜莲把胡半仙带到后花园找明心,看到吴成与明心在花园恩恩爱爱的样子,喜莲非常羡慕,希望明心永远这样幸福下去,并说如果有人破坏明心的幸福,自己一定不得轻饶他。喜莲的话让胡半仙到嘴边的话又咽了下去。但他还是不服,于是找到让华佗来做这个恶人。
华佗得知九转丹的事果然非常气愤,他劝吴成不要一错再错,要有医生对待病人的责任心,而不是一味地想着自己的功名利禄。吴成没有反思自己的过错,反而以小人之心度君子之腹地认为华佗在遴选太医的非常时期提九转丹的事,就是想让他不能顺利参选太医,一定是华佗起心想参选,借此除掉他这个强有力的竞争对手。华佗觉得吴成执迷不悟,反而担心他这种心术不正的人如果真进了太医院将来会害多少人。于是华佗决定参加遴选,让吴成这种人没机会害人。
参加遴选的大夫们汇集在集市上支起了问诊摊,以此展示各自的医术。华佗和吴成的诊台前都拍起了长队,胡半仙的诊台无人问津。这时牛二因为扭伤了腰被家丁们扶着过来了。他把华佗诊台前正在看病的李三驱赶过去,然后得意地扔出一袋钱给华佗,让他给自己先看病。华佗收下他的钱袋,一股脑全倒在地上,牛二赶紧蹲下去一枚一枚地拾起来。华佗又对李三耳语一番,李三于是在华佗暗示的牛二的背上踢了一脚。牛二勃然大怒,正要发火,华佗却告诉他,他的腰伤好了。牛二扭扭腰感觉腰果然好了。华佗告诉他让他拾地上的钱是帮他先活动身体,让李三踢他是帮他正骨。华佗不同寻常的治病方式引得围观百姓纷纷称赞,也引起了围观人群中太医官甄太医的注意。
次日,甄太医在县令陪同下再次到问诊处查看。看到华佗正用针灸的方式为要做小手术的病人麻醉,果然病人感到的是还能忍受的疼痛,华佗顺利为病人做了小手术。华佗的这个麻醉术引起甄太医极大的兴趣,却也让吴成和胡半仙感到更大的威胁。于是吴成给胡半仙出了一计,让他算计华佗让他当中出丑。
翌日,胡半仙给一个健康的小伙子一枚银锭作为演出费,让他故意装出摔倒的样子让华佗医治,然后戳穿华佗的医术。果然,华佗开后,小伙子突然摔倒,装出痛苦的样子,华佗赶紧为他号脉检查,发现小伙子怀里的银锭咯伤了他的脾脏,结果华佗深感遗憾地说小伙子危在旦夕,因为他的脾脏受了重伤。小伙子得意地告诉华佗自己没病,只是被人请来演戏的。华佗让众人把他抬到医馆由华父诊断,果然小伙子开始吐血,如华佗所说命不久矣。胡半仙吓坏了,找吴成出主意。吴成却突然换做自己一无所有与自己无关的样子,然后递给他一串铜钱让他离开逃走。胡半仙见吴成推得干干净净顿时傻眼了。