共48集
三国时期，战火纷起。年轻的华佗在家乡亳州给百姓看病，过着自由洒脱的日子。华佗妙手让太守女儿明心起死回生，获得了神医美名，也从此与明心结下不解之缘。为了研制麻沸散给明心治疗眼睛，华佗开始游历寻药。在都城，华佗与英雄关羽、曹操和师兄吴思德屡有交集，见识了官场险恶，世态炎凉。最让华佗痛心的是，心爱的姑娘明心惨遭吴思德霸占。在东吴山中，绝望的华佗受隐者指点，幡然醒悟，立志成为医人医心医国的苍生大医。赤壁之战，刮骨疗毒，秘境历险。任凭风吹雨打，从不曾改变拯救苍生的赤子之心。麻沸散的研制成功，也让华佗和明心的爱情修成正果，可就在幸福来临时，曹操因病、因疑、因恨抓走了华佗，这位行医济世、妙手回春的苍生大医逝于囚牢。
华佗把县令手下的名叫单眼皮的士兵绑到县令面前，谎说单眼皮拿着县令的投降信勾结董军，并把县令写的投降信出示给县令看。县令极力否认，明心更觉得华佗栽赃陷害。曹操带兵包围了县令府，将县令的家人及下人们通通抓了起来。胡半仙白天时拉着喜莲准备逃走过他们的小日子，但喜莲放不下明心坚持要回来。等他们回到县令府才发现曹操的兵正在清查县令府的人，要将他们全部抓获。
喜莲以为明心会从侧门逃走，于是到侧门找明心，胡半仙只得跟着她。结果他们刚到县令的书房，就被曹军发现。拉扯中曹军将喜莲摔昏，胡半仙气的将曹军打晕后，拿着县令书桌上的大印，扛着喜莲就准备离城。守城卫士看到县令大印打开了城门。一直守在城外等亥时县令投降的董军见城门大开，而胡半仙扛着一个装着人的布袋走出城门，董军以为是县令投降的安排，大批人马一拥而入，并抢过胡半仙扛着的喜莲。
曹操将县令府所有人绑起来示众，曹操告诉谯郡百姓，县令想投降董军将谯郡拱手让给董军。顿时人群沸腾，百姓纷纷指责县令。为了将戏份做的更足，曹操手起刀落刺死了单眼皮。华佗很震惊，质问曹操说好的不伤及性命为什么不遵守诺言。曹操告诉他欲成大事不能拘于小节。明心的奶奶见曹操杀人又惊又怕，突发疾病撒手西去。
这时有人惊呼董军杀过来了。曹操不慌不忙地带着曹军从之前挖好的地道撤离到城外。曹操与华佗演的一出戏就是要让董军认为谯郡县令和百姓都是受他的胁迫才抗董，如此才能保全县令及百姓的性命。一切都如他计划的一样。董军并没有为难谯郡。哪知半途突然出现一个人将谯郡又置于水火边缘。
原来此人就是当初陪董骠一起到县令府迎亲的家丁。他是当初曹操杀死董骠时唯一的活口。这些天来他一直装成乞丐混迹在谯郡。他突然抓住董军将军的衣衫，急切地告诉他自己是董骠的家丁，是县令和曹操勾结杀了董骠，这些天以来自己亲眼目睹县令与曹操勾肩搭背共同抵御董军。空气突然凝结了，将军眼中突现了杀气。吴成给胡半仙眼神示意，让他接近董骠家丁。
胡半仙装出仙姑上身的神神叨叨的样子慢慢接近家丁，还说他得了失心疯。将军还未反应过来，吴成就悄悄的乘乱向家丁身上穴位扎了一针。家丁顿时出现失心疯的症状，将军以为他真是失心疯胡言乱语。众人这才有惊无险地躲过一劫。但明心因为奶奶的突然去世和华佗一直针对父亲，对他的误会越来越深。华佗很难过，觉得与明心越走越远。
吴成看到惠娘在破庙艰难度日很是心疼，他将惠娘怀孕的事告诉了师父。华父很高兴，亲自接惠娘和华佗重返华府。