共48集
三国时期，战火纷起。年轻的华佗在家乡亳州给百姓看病，过着自由洒脱的日子。华佗妙手让太守女儿明心起死回生，获得了神医美名，也从此与明心结下不解之缘。为了研制麻沸散给明心治疗眼睛，华佗开始游历寻药。在都城，华佗与英雄关羽、曹操和师兄吴思德屡有交集，见识了官场险恶，世态炎凉。最让华佗痛心的是，心爱的姑娘明心惨遭吴思德霸占。在东吴山中，绝望的华佗受隐者指点，幡然醒悟，立志成为医人医心医国的苍生大医。赤壁之战，刮骨疗毒，秘境历险。任凭风吹雨打，从不曾改变拯救苍生的赤子之心。麻沸散的研制成功，也让华佗和明心的爱情修成正果，可就在幸福来临时，曹操因病、因疑、因恨抓走了华佗，这位行医济世、妙手回春的苍生大医逝于囚牢。
华佗一直见不到明心的面得不到她的原谅，便常常喝酒麻醉自己，聊解相思之苦。得知二师兄吴成正在为明心治伤，于是他将自己要对明心说的话都写在信上，拖吴成带给明心。吴成转念一想答应下来，并告诉华佗如果明心不回信则表示不能原谅他，让他从此死心好好与惠娘过日子。华佗将信交给吴成，兴高采烈地走了。吴成转身就把他的信扔了。
董军果然派来增援大肆进攻谯郡县，县令这次采取了坐山观虎斗的做法按兵不动。曹操带军与董军浴血奋战，无奈兵力悬殊很快曹操就伤痕累累，危在旦夕。明心看到这一切，劝在城墙上观望的父亲出兵救曹操。县令还在犹豫，却看到华佗带着他的兵们用推车推着一车发出浓浓的黄烟的药草冲入阵前。药草发出刺鼻的气味，众军士纷纷捂鼻。华佗乘乱救回曹操。曹操感恩华佗再次救得他的性命。
战事还在进行，伤员是越来越多。华父看到一向顽劣的华佗此时专心致志地救护伤员深感欣慰。明心借故来看伤员，为伤员送来食物，看到忙碌的华佗内心窃喜，表面却装着冷冰冰的样子。华佗一直没有收到明心的回信，不知道她的真实想法心里十分惶恐，却一直没有机会与她交流。
大栓受了重伤从战场上被抬了下来。看到大栓痛苦不堪的样子，华佗无法想象像大栓这等铁血男儿都紧皱眉头，那该是怎样的疼痛。再看旁边另一个伤员，因为伤口很深无法处理，已经溃烂长了蛆虫。华佗知道如果有麻沸散物为他们止疼，只要进行一些小的手术他们的伤就不会这么恶化。华佗很痛苦，于是他给自己灌了很多酒，然后让惠娘在他醉的不省人事时用刀刺伤他，他想试试醉酒后能忍住多大的疼痛。