共48集
三国时期,战火纷起。年轻的华佗在家乡亳州给百姓看病,过着自由洒脱的日子。华佗妙手让太守女儿明心起死回生,获得了神医美名,也从此与明心结下不解之缘。为了研制麻沸散给明心治疗眼睛,华佗开始游历寻药。在都城,华佗与英雄关羽、曹操和师兄吴思德屡有交集,见识了官场险恶,世态炎凉。最让华佗痛心的是,心爱的姑娘明心惨遭吴思德霸占。在东吴山中,绝望的华佗受隐者指点,幡然醒悟,立志成为医人医心医国的苍生大医。赤壁之战,刮骨疗毒,秘境历险。任凭风吹雨打,从不曾改变拯救苍生的赤子之心。麻沸散的研制成功,也让华佗和明心的爱情修成正果,可就在幸福来临时,曹操因病、因疑、因恨抓走了华佗,这位行医济世、妙手回春的苍生大医逝于囚牢。
刘太医走后,华佗验证了针灸包里的布,果然涂了毒药。华佗将此情况报告给曹操,曹操非常气愤,自问自己没有亏待太医院的人。华佗知道曹操的脾性,怕他乱杀无辜殃及他人,所以提前劝他不要因此事伤害其他人。
曹操派出去的人暗中跟踪了刘太医,找到了他们的秘密据点。当晚刘太医等人的带头大哥也到据点跟他们议事。曹操听到汇报,亲自带人来捉拿刘太医等判贼。据点望风的人发现官兵后,向屋里的人发了信号。等曹操带人进去后发现了刘太医等六个叛贼。曹操心思缜密,发现了桌子上有七个茶碗,便知有一人逃脱。
刘太医的行为惹的曹操勃然大怒,他将众叛贼满门抄斩后,又下令让全太医院的太医们到现场观看刘太医等人腰斩之刑。众太医看到腰斩的血腥场面,吓的瑟瑟发抖,曹操要的就是这种杀鸡儆猴的警示效果。华佗得知消息后想面见曹操,曹操却让属下拦住他。华佗最后见到曹操后,责怪他不守信诺,乱杀无辜。曹操与华佗观念不一,都说服不了对方,华佗气的拂袖而去。
甄太医在太医院里处处排挤吴成。不仅让吴成如下人一般打扫卫生,还帮着成心欺负他的人,不为他主持公道,最后甚至要求他把桌子搬到外面的雨地里办公。吴成忍气吞声受尽屈辱。甄依柳却在雨地里为他撑伞,不顾哥哥的反对无条件地支持和帮助吴成。那一刻吴成发自内心的感念甄依柳对自己的深情。当晚,吴成拿着礼物到甄府要送给甄依柳,甄太医旁敲侧击地暗示吴成最好攀上他这个高枝成为自己的妹夫,那样至少会少奋斗20年。吴成从迈进甄府大门的时候就已经打定主意,攀上甄太医,抛弃明心,反正自己接触明心的初心就是要获得她的好感后再抛弃她,以此折磨华佗为惠娘报仇。
吴成开始主动亲近甄依柳,甄依柳在吴成的柔情下倍感幸福。吴成故意在她面前诉说自己在太医院无人问津。结果次日吴成的桌子不仅搬回太医院屋里,还有许多名媛到太医院点名要让吴成看病。吴成看到众太医羡慕的眼神心中暗喜,感到自己终于扬眉吐气。