共42集
《新燕子李三》主要讲述20世纪20年代至50年代，北方武林门派“燕子门”师徒间、师兄弟妹间恩怨情仇的故事。结合了军阀混战、抗战、内战的历史沧桑，展现了不同信仰和追求的燕子门三位高徒的人生轨迹和成长历程。 民国初，山东济南武林高手“燕子李三”被官府斩杀。李三师弟李显隐退江湖，将绝世轻功传与徒弟李云飞、李云馨、李云龙。十年后李显师徒回到济南，与日本武士对决抗争，名声大振.百姓称，燕子李三回来了。抗战时期，李显师徒投入到全民抗战的洪流中。三徒弟李云龙薄弱的内心和膨胀的私欲，使他最终成为了彻头彻尾的走狗，不得善终。二徒弟李云馨开武馆，传授武艺。大徒弟李云飞体会到，凭借武林气节，单打独斗，不可能真正救国，毅然加入抗战。
济南城里的女人一时都逃到了城外，有些女人逃到了普照寺，被云馨接了进来，云馨从这些女人口中得知沼田的暴行，决定去铲除沼田，结果出门的时候被李显拦住，说等云飞共同商议后再行动，没想到这时云飞已从白凝口中得知了消息，赶回来与师父是妹商量。与此同时，李云鹤和冯队长来到了济南，李云鹤想利用日本军官的假身份混入泺源会馆，不料却吃了闭门羹。所以只得在泺源会馆门口观察情况，看是否有防备的破绽，云鹤发现了送餐的大食盒可以装下一个人，便和冯队长配合混进了屋里。不料贴身守卫井上反应机敏，发现了云鹤，并将云鹤打伤，云鹤被同样来杀沼田的云飞和云馨救了回去。沼田被云鹤打伤，大发雷霆，为了弥补过失，五咸找来谭家麟，希望绿牡丹可以为沼田将军唱戏。绿牡丹十分害怕，希望李德可以帮她，不想这件事正和燕子门的心意，众人商议共扮戏班子去为沼田唱一出大戏。
沼田看得李云馨扮作的扈三娘流了口水，命令五咸立刻安排自己与扈三娘见面。沼田在后台见到了李云馨，十分欣喜。于此同时云飞和李德埋伏在化妆间里等待时机。
李云馨勾引沼田并趁机从他的身上将枪偷走，沼田顿感不妙，但为时已晚，他根本不是云馨的对手，云馨将沼田力毙与峨眉刺下。于此同时，云飞经过数番搏斗，杀了井上。李德趁机拉了电闸，众人逃离戏楼。五咸对于未能保护好将军而十分内疚，日军在太平洋战场上也节节败退，五咸派人通知在青岛的桂芳除掉李云龙。