共42集
《新燕子李三》主要讲述20世纪20年代至50年代，北方武林门派“燕子门”师徒间、师兄弟妹间恩怨情仇的故事。结合了军阀混战、抗战、内战的历史沧桑，展现了不同信仰和追求的燕子门三位高徒的人生轨迹和成长历程。 民国初，山东济南武林高手“燕子李三”被官府斩杀。李三师弟李显隐退江湖，将绝世轻功传与徒弟李云飞、李云馨、李云龙。十年后李显师徒回到济南，与日本武士对决抗争，名声大振.百姓称，燕子李三回来了。抗战时期，李显师徒投入到全民抗战的洪流中。三徒弟李云龙薄弱的内心和膨胀的私欲，使他最终成为了彻头彻尾的走狗，不得善终。二徒弟李云馨开武馆，传授武艺。大徒弟李云飞体会到，凭借武林气节，单打独斗，不可能真正救国，毅然加入抗战。
李德和白凝都来到普照寺劝导云馨，却都因说不过云馨无功而返。另一方面，云龙从手下口中得知，一直称赞自己的铁嘴霸王也开始揭露自己的恶性，心中十分不爽，决定找铁嘴霸王算帐。在铁嘴霸王家，云龙被铁嘴连连羞辱，云龙恼羞成怒，要开枪打死铁嘴，可铁嘴却全不畏惧，云龙最终悻悻而去。
谭家麟找到李云鹤，希望李云鹤可以查处袁卓，断了自己的后顾之忧。李云鹤与谭家麟进行了官场上的交易，答应为其处理袁卓，袁卓被李云鹤抓了起来，谭家麟在狱中找到袁卓，告诉他在官场上不仅要会见风使舵，还要懂得"没真的"的三字真言，谭家麟再一次在二人的官斗中占了上风。
此时，李云鹤接到上级的命令，上级要求由保密局护送济南城防计划图到南京，李云鹤将此次任务交给了李云龙，与被押送到南京的袁卓坐同一班火车。于此同时，白凝也截获了云龙送城防图的消息，云飞决定亲自动手从云龙手中截取城防图。
云飞早早上了火车，不想巧遇也要南逃的绿牡丹。
云飞在火车上观察站台上云鹤和云龙的活动，看到装城防计划图的箱子被铐在了云龙手上。云飞正盘算如何动手之时，不料行踪却被云龙察觉。在绿牡丹的安排下，云飞躲了起来。
云龙带乘警对车厢进行地毯式搜查，不想看到了乘坐同班火车的绿牡丹，云龙心知绿牡丹对云飞有爱恋，决定从绿牡丹处一探究竟。