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该剧以东江市纪委书记牛铁雷奉命率专案组调查危化品爆炸案腐败问题为切入口，讲述了党的十八大以来，以牛铁雷为代表，省纪委书记赵长海、区纪委书记孙方明，以及欧阳春、周强、宋天意等纪检干部，在查办腐败案件过程中经受的种种抉择和考验。在查处市环保腐败案、领导干预招投标案、利益集团包揽重大工程腐败案等案件中，克服了被调查人跳楼、利益集团阻碍调查等困难，经历了夫妻反目、父子成仇、战友断义、职务罢免、重病等现实问题，抵住了金钱、女色等诱惑，经受了恐吓、栽赃、追杀等考验，始终忠于职守，大智大勇，查处并瓦解了以省委副书记麦满仓为背景，其侄子麦思源为主谋，以市委书记余仲君和情妇林妙雪为代表的利益集团。
赵达声让周强偷偷地做了余仲君和林成贤的DNA鉴定，确认了二人的父子关系，赵达声的心情很压抑，他来到余仲君的家里，想最后挽救一下这个曾经患难与共的战友，但余仲君已经无法自拔，他不肯主动交代问题争取宽大处理，反而责怪赵达声影响了自己的生活。赵达声苦口婆心劝说余仲君，他从余仲君的口中得知赵小军的存在是二人之间的那根刺后更是心痛不已，最后落寞地离开了，虽然目前的证据不足以抓捕余仲君，但赵达声心里清楚，余仲君落马是迟早的事情。
宋天意调查了张一鸣，从他的手提电脑中恢复了关于大卖危险品的所有记录，这是典型地包庇麦天源，让宋天意奇怪的是，他不仅没有从麦思源那里得到钱，反而他还向麦思源的科研项目进行了捐款。吴组长带着任务来到东江，他负责调查违规任用干部的事情，而这些事情与麦满仓有关，赵达声汇报了余仲君的相关案情线索，证实麦满仓和余仲君之间关系密切，麦思源和余仲君之间存在利益输送。
东江市纪委请求省纪委报请中央纪委与香港廉政公署接洽，调查相关账户，彻底揪出腐败毒瘤，赵达声提到了蓝洁提供麦思源罪证的线索，吴组长让他们沿着这个线索查下去，省纪委会全力配合。吴组长交代东江市纪委把李大可带过来调查，李大可看到周强和同事等在自己家楼下后马上明白了他面临的处境，连买的菜都扔在了地上，神情呆滞地跟着周强上车离开了。但是，李大可还把希望寄托在余仲君的身上，对于吴组长的问话装聋作哑一问三不知，妄想着能够最后翻盘。
余仲君接到了李大可妻子打来的电话，说李大可被纪委的人带走了，他意识到情况不妙，于是立即将此事告诉了麦思源，催促他快点把工程款打到自己账户上，还提醒他不要耍心眼，如果自己拿不到，他也别想捞到。麦思源打算利用余仲君和林妙雪的事来搅乱余仲君，只要余仲君乱了套，他就没时间跟自己纠缠，等工程款一到账，他就神秘消失。
赵小军和赵达声先后收到了关于余仲君和林妙雪以及林在贤的照片，赵达声敏锐地觉察到这是麦思源在甩锅，赵小军则找到余仲君质问，余仲君承认照片上的人是自己的爱人和孩子，还强调这些年他对得起王玉兰和赵小军，赵小军把他带到了医院，让余仲君自己跟王玉兰说，王玉兰恳求余仲君照顾好赵小军，这样她就可以安心地走了，余仲君思考再三，也没有把这件事说出口。
中能的钱到账了，麦思源马上让蓝洁转账，蓝洁立即把这个消息告诉了崔莉，这是麦思源准备外逃的信号，她准备拿到麦思源的罪证，崔莉嘱咐她一定要注意安全。李大可在电视上看到阳浦保税区项目正式启动，而他的事情却遥遥无期，他认清了余仲君在敷衍自己，于是防线崩溃，主动交待自己栽赃陷害周强，还曾经向思源谷的科研账户捐了一笔钱，实际上这笔钱是给余仲君的，他是为了当上纪委的副书记，之后他受余仲君的指使，多次干扰纪委办案。
麦思源收到了蓝洁发来的信息，称她已经拿到了麦思源的犯罪证据，麦思源中计，他火速赶回办公室后打开自己的秘密保险柜查看，没想到蓝洁突然出现在他的后面，蓝洁用雕塑把麦思源砸晕，然后拿着他的犯罪证据迅速离开。