共30集
从宫中逃亡出来的宫女王宁氏，带着襁褓中的女儿流落民间。20年后，女儿柳如是长成一位绝色才女。一次偶然的机会，她与赫赫有名的文坛领袖钱谦益在秦淮河畔邂逅了，二人由敬慕彼此的才华而心生爱意。在经过无助而无奈的时空等待、感情试探和生活考验之后，二人终于互明心迹并终成眷属。然而一场大的时代变革到来了，宛如一场风暴把两人脆弱的爱情推向危机四伏的边缘。清朝摄政王多尔衮率八旗劲旅兵临南京城下，南明王朝君臣四散，留下钱谦益独撑危局。钱谦益为全城百姓免受涂炭，将南京城拱手相让。多尔衮入城以后，将柳如是软禁在软香阁里劝她归顺。柳如是靠智慧和胆识使多尔衮甘拜下风，使多尔衮意识到，仅仅靠武力是不能使天下一统的。剧中还辅以秦淮众佳丽的故事，将马湘兰、李香君、董小宛、陈圆圆这些红尘女子穿插其中。《魂断秦淮》用了三十集的篇幅，通过一群才子佳人在变幻莫测的宫廷风云里，在改朝换代的历史舞台上的曲折人生道路，全景式地展现明清交替之际的江南社会风貌，以及满汉两个民族在血与火的洗礼中逐步融合的悲壮历程。
马士英赌输，赔了银子，丢掉面子。钱谦益将赢来的银子全部捐献给扬州。陈玉龙押运银子去扬州，董小宛也跟他去寻找心上人冒辟疆。此时扬州城已被清军包围，危在旦夕。候朝宗为给扬州守城军民找一条生路，主动请命去清军大营与多尔衮谈判。多尔衮十分欣赏候朝宗的才华，有意劝说他归顺清朝，被候朝宗严词拒绝。南京城里，马士英逼李香君改嫁阮大铖，李香君宁死不从，血染桃花扇。扬州破城之前董小宛落在清军手里，被送往京城献给顺治皇帝。候朝宗得知李香君的遭遇，对南明王朝彻底失望，被迫降清。多尔衮指挥清军攻克扬州，直逼南京，吓得南明王朝君臣纷纷逃命，并企图带走柳如是，留下钱谦益担负守城重任。