共36集
该剧改编自猫腻同名畅销小说，承接上季，范闲（张若昀 饰）率领使团回归途中，二皇子以费介、范思辙以及滕家遗孤的安危来威胁范闲，逼他向自己俯首称臣，二人的矛盾就此激发。范闲所面对的抱月楼迷局，以及接踵而至的春闱危机，都是二皇子精心给范闲布下的陷阱。范闲与林婉儿如愿大婚，紧接着，范闲接手内库，却发现内库负债累累。 范闲拒绝了庆余堂大掌柜的相助，决定靠自己的力量解决内库危机，范闲相约城中众商贾相聚苍山，以售卖“库债”为机筹集了两千多万银两，解决了内库空虚问题。悬空寺上，庆帝遭遇三连刺杀，范闲出手相救却导致武功全废。危机四伏，压力陡增，范闲别无选择，他必须以这样的身体下江南，挑战庞大的势力与既定的游戏规则，以求彻底夺回内库。
庆帝早就看出范闲要查的人是李承泽，他不便出面阻止，陈萍萍和范建不但不帮忙化解两个孩子之间的矛盾，还推波助澜。陈萍萍觉得李承泽被那些心怀叵测的官员蛊惑，应该有人站出来清除这些奸佞，此事只有范闲出面最合适，庆帝一气之下扬长而去，把范建和陈萍萍晾在一边。
范建没想到李承乾会安排门下在堂上为赖名成推波助澜，陈萍萍怀疑那些人是林若甫安排的，他故意让李承乾的门下出头，就是想挑起李承泽和李承乾的矛盾，范建大为吃惊。虽然范闲没有当众说出要查的人是李承泽，可文武百官都猜到李承泽，李承泽咽不下这口气，他来找范闲兴师问罪，陈萍萍提交的贪官名册都是他的门下，他怀疑这本名册是范闲提供的，范闲故意装傻，还一问三不知。
李承泽主动提出和范闲和解，范闲却不买账，谢必安带人赶来给李承泽助威，邓子越率鉴查院同僚来给范闲撑腰，双方剑拔弩张。李承泽扬言他派人去追范思辙，很快就把范思辙抓回来问罪，范闲对他置之不理。李承泽越想越生气，派谢必安到抱月楼制造一起命案，把范思辙置于死地，让范闲体会一下失去亲人的痛苦，谢必安领命去准备。
天上下起了瓢泼大雨，袁梦冒雨刚刚离开抱月楼，有三个打手冲进抱月楼，把老金头的女儿拖出大门外活活打死。赖名成带领都察院御史加班加点查贪官，突然接到一个消息，抱月楼的歌伎被当街打死，掌柜袁梦逃之夭夭，临走留下一封信，指明抱月楼的大东家是范思辙，赖名成立刻上书弹劾范闲和范思辙。
范闲闻讯赶来抱月楼，他看到惨死的金姑娘，以及袁梦留下的信，他气得咬牙切齿，猜到此事是李承泽幕后主使，范闲派邓子越追捕袁梦。靖王世子李弘成和袁梦有私情，李弘成听说抱月楼事件，担心被袁梦牵连，主动来找范闲求助，拜托范闲不要把他和袁梦的关系说出来，还信誓旦旦表示会一心一意对范若若，范闲根本不信，强行把他撵走。
庆帝听说抱月楼惨案，他征求李承乾的意见，李承乾怀疑有人栽赃陷害范闲，庆帝随口说起那天朝堂之上支持赖名成的官员是他门下，李承乾吓得跪地求饶，他对此事毫不知情。庆帝故意给他一个三条腿的凳子，提醒他以后做事要稳妥，还让李承乾去找皇后请教。
李承乾去找皇后求助，皇后详细询问了庆帝说的话，埋怨李承乾不该站出来支持范闲，他身为太子应该冷眼旁观，置身事外，皇后猜到林若甫指使李承乾门下在朝堂支持赖名成，相信庆帝也猜到这些，只是没有明说。
自从抱月楼打死歌伎事件发生以后，范闲和范建借口身体抱恙不上朝，还拒不见客，赖名成怀疑他们想撇清罪责，故意躲着不见人，可又不能找上门问罪，只能暗自兴叹。李承泽也看出范建和范闲故意称病，让谢必安找一个信得过的太医上门看病。
范闲每天在家闲得无聊，亲手做了各式各样的点心，王启年大快朵颐，对他的手艺赞不绝口，邓子越把点心包起来想回去慢慢品尝，范闲看出邓子越还心存疑虑，想确认他是不是真的靠山，范闲让邓子越放心，而且他们背后还有陈萍萍撑腰，邓子越还是小心翼翼放不开。
李太医来范府看病，范若若急忙来向范闲报信，范闲相信范建不会穿帮，他见时机成熟，让邓子越找人散布消息。柳如玉故意大声和李太医打招呼，给房间里的范建通风报信，范建急忙服下范闲事先给他的毒药，躺在床上装病，李太医仔细给范建做了检查，发现他中毒了，还让柳如玉好好排查一下府里的人，尽快找出下毒之人，李太医又去给范闲看病，柳如玉赶忙在前面带路，还大声提醒范闲。
范闲早已经做好了周密的安排，他脸色惨白，坐着轮椅来见李太医，因为体力不支晕了过去，李太医查出范闲受重伤导致气血紊乱，范闲时而清楚时而糊涂，演得惟妙惟肖，成功骗过李太医。李太医向李承泽如实汇报范建中毒和范闲受重伤的事，李承泽根本不信。
邓子越召集了很多百姓，让他们散布抱月楼掌柜袁梦和靖王世子李弘成的私情，此事很快就传遍京都的每个角落。