共36集
该剧改编自猫腻同名畅销小说，承接上季，范闲（张若昀 饰）率领使团回归途中，二皇子以费介、范思辙以及滕家遗孤的安危来威胁范闲，逼他向自己俯首称臣，二人的矛盾就此激发。范闲所面对的抱月楼迷局，以及接踵而至的春闱危机，都是二皇子精心给范闲布下的陷阱。范闲与林婉儿如愿大婚，紧接着，范闲接手内库，却发现内库负债累累。 范闲拒绝了庆余堂大掌柜的相助，决定靠自己的力量解决内库危机，范闲相约城中众商贾相聚苍山，以售卖“库债”为机筹集了两千多万银两，解决了内库空虚问题。悬空寺上，庆帝遭遇三连刺杀，范闲出手相救却导致武功全废。危机四伏，压力陡增，范闲别无选择，他必须以这样的身体下江南，挑战庞大的势力与既定的游戏规则，以求彻底夺回内库。
林婉儿从李承泽口中得知范闲杀了哥哥林珙，又看到范闲给海棠朵朵写信，她更是气不打一处来，拿出李承泽给她的匕首削水果，因为愤怒手不停地在发抖，范闲看出她有心事。林婉儿质问范闲是不是早就知道林珙策划了牛栏街刺杀，范闲对此供认不讳，可他没有杀林珙，他知道五竹杀了林珙，可他没有说出来。
林婉儿内心很矛盾，一边是亲哥哥，一边是她深爱的丈夫，林婉儿宁愿范闲骗她，让她永远不知道真相，这是范闲心里的结，他不敢告诉林婉儿实情，就是不想林婉儿面对痛苦抉择。
当年皇后的族人杀了叶轻眉，庆帝命令范建和陈萍萍把皇后一族全部杀死，从那天开始，皇后就对庆帝避而不见，她得知范闲是叶轻眉和庆帝的孩子，主动来找庆帝认罪，恳请庆帝褫夺她皇后之位，再治她的罪。
林婉儿猜到五竹杀死了林珙，要杀了五竹为哥哥报仇，范闲劝她趁早死心，她根本杀不了大宗师级别的五竹，林婉儿拼死也要试一试，她不忍心看到范闲被李承泽陷害，提醒范闲提防李承泽，范闲才知道李承泽把林珙的事告诉林婉儿。林婉儿无法面对范闲，只好负气而去，范闲伤心地痛不欲生。
皇后想临死前去找范闲认个错，她怀疑范闲在广信宫遇刺是李云睿安排的，求庆帝治李云睿的罪，李承泽就失去了大靠山，也就保全了李承乾的太子之位。范若若在门外听到林婉儿和范闲的谈话，寸步不离守在范闲身边，范闲替林婉儿担心，祈祷五竹不会伤到林婉儿。
庆帝不同意皇后去见范闲，也不会褫夺她的皇后，皇后长跪不起，苦苦恳求庆帝处罚李云睿，庆帝早就看出皇后策划了广信宫刺杀，然后栽赃陷害李云睿，皇后气得掉头就走，当她走到庆帝设计的那副金刚不坏铠甲的时候，庆帝弯弓搭箭刺穿了铠甲以示警告，皇后吓得瘫坐在地上。
庆帝邀请范闲去悬空庙赏花，还特意让人做了一个酷似范闲的假人一同随行，他想利用假人引五竹上钩。范建得知范闲做诱饵跟着庆帝出城了，担心范闲有危险，他来找陈萍萍兴师问罪，陈萍萍不愿招惹他，提前到费介的三处暂避一时。
果然不出庆帝所料，五竹一直跟在范闲的车队后面，悄悄保护范闲的安全。神庙使者突然出现，他模仿五竹的装扮和身手，从江南一直跟着五竹，制造了连环杀人案，他想带五竹和叶轻眉回神庙，可叶轻眉已死，使者要带叶轻眉的儿子范闲回去，五竹想回神庙找回遗失的记忆，他不许任何人伤害范闲，就和神庙使者大打出手，两个人打得难分难解，最后打到了悬空庙。庆帝早已经做好了周密部署，五竹和使者靠近悬空庙的时候，禁军冲他们乱箭齐发，他们却毫发无伤。五竹和使者打了很久，最后两败俱伤，五竹刺穿了使者的身体，他拖着重伤顺利逃生。
庆帝带范闲来到悬空庙，那里收藏了叶轻眉唯一的一幅画像，画上的叶轻眉背着那个大箱子，虽然只是侧身像，却难掩她眉宇间的坚定和无穷魅力，和范建和陈萍萍口中那个熠熠发光的叶轻眉一模一样，范闲第一次看到母亲的真容，他激动地说不出话来。禁军把神庙使者的遗体带回来向庆帝复命，庆帝发现使者不是肉身，下令把他烧了。随后，庆帝带范闲参观叶轻眉生前最喜欢的花海，还讲起了叶轻眉生前的一些往事。