共36集
该剧改编自猫腻同名畅销小说，承接上季，范闲（张若昀 饰）率领使团回归途中，二皇子以费介、范思辙以及滕家遗孤的安危来威胁范闲，逼他向自己俯首称臣，二人的矛盾就此激发。范闲所面对的抱月楼迷局，以及接踵而至的春闱危机，都是二皇子精心给范闲布下的陷阱。范闲与林婉儿如愿大婚，紧接着，范闲接手内库，却发现内库负债累累。 范闲拒绝了庆余堂大掌柜的相助，决定靠自己的力量解决内库危机，范闲相约城中众商贾相聚苍山，以售卖“库债”为机筹集了两千多万银两，解决了内库空虚问题。悬空寺上，庆帝遭遇三连刺杀，范闲出手相救却导致武功全废。危机四伏，压力陡增，范闲别无选择，他必须以这样的身体下江南，挑战庞大的势力与既定的游戏规则，以求彻底夺回内库。
李承平和史阐立劝范闲利用三大坊赚钱，不要搞工艺传承这样费力不讨好的事，可范闲心意已决，他要把先进工艺发扬光大，李承平和史阐立知道范闲做的是利国利民，功在千秋的好事，都表示会全力支持他。
范闲把海棠朵朵当成最好的朋友，向她敞开心扉，海棠朵朵也向范闲说出实情，苦荷对“天一道心法”进行了部分修改，范闲照此练下去就会成白痴，海棠朵朵把错的地方一一改回来。范闲大骂苦荷阴险歹毒，他给海棠朵朵的霸道真气也少了几个步骤，海棠朵朵气得无语。
范闲派邓子越假扮灾民潜入明家，还让鉴查院一处和四处伪造了他的身份和履历，邓子越很快得到明家人的信任，他顺利进入三大坊做卧底，搜集了很多明家的罪证，他如实向范闲报告，范闲得知明青达借那场火转移库房的货和工人，他决定亲自去调查。
范闲带王启年前往三大坊仓库，黑骑一路护送他们，影子随后赶来，向范闲报告了一个坏消息，叶流云要来杀范闲，王启年劝范闲回城，范闲不甘心就此放弃，他想夺回母亲叶轻眉留下的三大坊，影子拗不过他，只好一同前往。范闲一行人很快找到三大坊仓库，仓库很大，里面竟然有铁轨和小货车，范闲猜到这也是母亲留下的。邓子越和工人们在搬运货物，他悄悄向范闲示意，范闲命令黑骑把仓库团团包围。
甲坊主事萧敬站出来和范闲叫板，王启年当场翻出卷宗，一一列举了萧敬收受贿赂，独吞死人俸禄和拖欠工人工资的罪行，范闲当场把他斩杀。王启年还拿出主事马剑雄的的罪状，他也被斩首，吴主事吓得瑟瑟发抖，他愿意把三大坊交出来，还带范闲办理交接手续。
明老太太时刻关注着范闲的一举一动，明青达得知范闲接手三大坊，想找叶流云来帮忙杀范闲，明老太太不同意，她不想靠外人，明青达担心明家抢夺三大坊被朝廷问罪，明老太太让他找一个亲兄弟去顶罪，明青达被逼无奈只好向明老太太妥协，他心里对明老太太起了杀心，趁按摩之际把明老太太活活掐死。
范闲得知叶流云要来苏州，他直接去码头等着，王启年和影子紧随其后跟过去。河面上风平浪静，船家们有条不紊运货，范闲却隐约感觉到有强大的气场从海上袭来，他不由地倒吸一口凉气。
叶流云划着一叶小舟缓缓而来，小船突然飞起来，只见叶流云已经稳稳落在码头，范闲体内真气全无，他没有拿出狙击枪，相信叶流云不敢杀他，因为叶流云在乎自己的家人。叶流云挥了挥衣袖，甩出一把匕首，影子稳稳接住，叶流云飘然而去。
叶流云刚刚离开，地面裂开一条大缝，牌坊和城楼被切成两半，范闲亲眼目睹叶流云一剑斩半楼，他叹为观止，范闲惊奇地发现他的真气找回来了，知道这是叶流云在帮他。这一季的故事暂时告一段落，观众和读者们都意犹未尽，期待张庆尽快更新第三季。
全剧终