共36集
该剧改编自猫腻同名畅销小说，承接上季，范闲（张若昀 饰）率领使团回归途中，二皇子以费介、范思辙以及滕家遗孤的安危来威胁范闲，逼他向自己俯首称臣，二人的矛盾就此激发。范闲所面对的抱月楼迷局，以及接踵而至的春闱危机，都是二皇子精心给范闲布下的陷阱。范闲与林婉儿如愿大婚，紧接着，范闲接手内库，却发现内库负债累累。 范闲拒绝了庆余堂大掌柜的相助，决定靠自己的力量解决内库危机，范闲相约城中众商贾相聚苍山，以售卖“库债”为机筹集了两千多万银两，解决了内库空虚问题。悬空寺上，庆帝遭遇三连刺杀，范闲出手相救却导致武功全废。危机四伏，压力陡增，范闲别无选择，他必须以这样的身体下江南，挑战庞大的势力与既定的游戏规则，以求彻底夺回内库。
陈萍萍面对范闲的指控不卑不亢，他送给林婉儿和范闲的珠宝都是庆帝赏赐的，范闲揭发陈萍萍用贪污受贿的钱财把陈园打造得极尽奢华，满园子都是奇珍异宝，陈萍萍解释陈园不是他的私产，是属于庆国皇室的，他只有使用权，庆帝否决了范闲对陈萍萍的指控。
赖名成一一列举了范建和范闲的罪名，范家私开青楼，于理不合，范建教子无方，有损官声，庆帝听说抱月楼还打死了人，赖名成查出此事和李承泽有关，他想一件一件上报。范建承认教子无方，范思辙私开抱月楼不妥当但是不违律法，他已经让范思辙把抱月楼关了，还把范思辙发配到苦寒之地接受改造，赖名成坚持要让范思辙受重罚，还要对范建和范闲降爵严斥。
庆帝征求林若甫的意见，林若甫建议先查抱月楼命案，再追究范建家教不严的责任，秦业支持林若甫的建议。赖名成揭发李承泽指使范无救杀人灭口，李承泽赶忙跪地认错，他被范无救蒙蔽，而且买凶杀人和杀人灭口的事都是范无救一人所为，赖名成查出朝中十五名官员都有大量来路不明的钱财，他们都和李承泽关系密切，赖名成恳求庆帝彻底查清楚李云睿和李承泽走私的事，文武百官听到这个消息一片哗然，庆帝以查无实证为由当场拒绝，赖名成求庆帝重审范无救。
与此同时，范无救打开李承泽捎给他那本书的夹层，里面藏了一包毒药，范无救顿时明白了一切，他当场服毒自杀。李承泽同意重审范无救，还让范家对抱月楼的姑娘和闲杂人员负责，范闲满口答应，庆帝下旨对李承泽禁足半年，罚范建和范闲半年的俸禄以儆效尤。
赖名成认为罚得太轻，坚持要对范建和范闲降爵处罚，庆帝劝他不要太较真。赖名成弹劾整个鉴查院法度不明，权利滔天，建议把鉴查院的卷宗分别交给六部，让陈萍萍告老还乡，文武百官都惊得目瞪口呆。庆帝借口累了起身要离开，赖名成跪倒在地，他最后一个要参庆帝本人，还口口声声称“上梁不正下梁歪”，文武百官纷纷站出来谴责赖名成，对他口诛笔伐，庆帝顿时恼羞成怒，赖名成誓死不屈，被文武百官围殴。
李承乾狠狠掐自己的大腿，他疼地大哭不止，谴责赖名成不懂庆帝，声嘶力竭为庆帝歌功颂德，辛其物也痛哭流涕为庆帝鸣不平。范闲和范建站出来为赖名成说好话，秦业和林若甫觉得赖名成也是为国分忧，求庆帝对他宽大处理，庆帝咬牙切齿夸赖名成做得对，要对他进行封赏，陈萍萍提议把那盒珠宝送给赖名成，庆帝一声令下把赖名成杖毙，范闲站出来为赖名成求情，庆帝让范闲监督行刑。
上天都为庆帝的不公裁决震怒，突然电闪雷鸣，下起了瓢泼大雨，范闲被迫领命做监刑官，他冒着大雨一路小跑赶到皇城外，看到赖名成被打得血肉模糊，范闲不忍看到赖名成就这么含冤而死，他想去找庆帝求情，可为时已晚，赖名成被活活打死。
范闲坐马车回家，一路上他一言不发，马车路过鉴查院的时候，陈萍萍在大门口等他，范闲不想见任何人，让王启年加速通过鉴查院。影子强行拦住马车，带范闲去见陈萍萍。陈萍萍带范闲来到一间密室，这里是鉴查院的指挥中心，陈萍萍通过密室机关向鉴查院各处发出指令，范闲才知道这间密室和机关都是母亲叶轻眉生前留下的。
范闲百思不得其解，不明白庆帝为何要把一心为国的赖名成活活打死，陈萍萍知道赖名成碰触了庆帝的逆鳞，鉴查院是独立于六部之外的机构，只属于庆帝一人，赖名成为了走私案查阅了鉴查院的卷宗，这就等于动了庆帝的权威，范闲接手鉴查院后，都察院的御史们都会把他当成敌人。范闲感觉不寒而栗，第一次感受到庆帝的冷酷与无情，不由想起母亲叶轻眉的惨死，陈萍萍叮嘱他以后小心行事。
范若若聪慧好学，不但通读文献古籍，还自学医术。范闲心烦意乱，就来找范若若诉苦，范若若对他好言相劝，还发誓会保护范闲，范闲手把手教她从解剖鸭子开始学起。邓子越奉范闲之命把抱月楼姑娘们的卖身契全部烧毁，让她们自愿选择去和留，而且留下的姑娘以后只卖艺不卖身，姑娘们开心地欢呼雀跃，桑文想继续留在抱月楼，姑娘们也都纷纷要求留下来。