共37集
五百年前的大明京城，一家小医馆里生活着一群乐呵的年轻人。一天，医馆馆主离奇失踪，徒弟朱一品随后收到一个卷轴，无意中打开后，天生的神速记忆让他快速阅读并记下了卷轴的内容，之后就晕厥过去，卷轴也随之烧成灰烬。东厂西厂得知后，派麾下高手杨宇轩与柳若馨前来医馆卧底查探卷轴里的秘密，阴差阳错，他们和朱一品卷入一个个离奇案件。新人入局，也打破了医馆往日的平静。柳若馨年轻貌美，杨宇轩高大英俊，朱一品、赵布祝似乎都被柳姑娘所吸引，陈安安故意要跟杨宇轩亲密互动，期间杨宇轩的前女友、锦衣卫副千户聂紫衣也进来搅局，无数种可能都在小小的医馆里悄悄发酵。朱一品带领的医馆神探小分队踏上冒险之旅，披荆斩棘，将一桩桩迷案及其背后的惊天秘密一一揭开。
众信徒十分崇拜天龙道人，他们一哄而上把朱一品三人打跑了。朱一品三人把天龙道人散播谣言收敛钱财的事情告诉了县令，县令说他们没有天龙道人杀人的证据，自己不能定天龙道人的罪。
朱一品三人来到金捕头金如风的家中，金捕头告诉他们自己感冒了，朱一品发现金捕头家中种了很多盆茉莉花，而且盆里的土都是红土，这种红土只有天龙道观才有。三人又来到天龙道观，天龙道人告诉众信徒京城的狐妖已除，他准备离开京城再度到蓬莱仙岛修炼。
庄田田在道观的树上大声喊叫庄妈妈，让庄妈妈不要再迷信天龙道长。天龙道人说庄田田诋毁自己的法术，庄田田说如果自己从树上跳下来，天龙道人可以保证自己不死，自己就相信他。庄田田真的从树上跳下来，眼看就要落地杨宇轩伸手把他举起来了。天龙道人认出了朱一品三人，他命令众教徒围攻三人自己却趁机溜走了。
柳若馨突出重围追上了天龙道人，他把天龙道人打倒在地，却发现此人竟是金捕头。柳若馨很奇怪金捕头怎么会在这里出现，金捕头说自己是来追杀天龙道人的。朱一品和众信徒也都赶来了，朱一品当众揭穿金捕头就是天龙道人，金捕头明明是个左撇子，但这次却用右手出剑，那是因为昨天杨宇轩打伤了他的左手。金捕头身上还贴着济世堂的膏药，朱一品撕开金捕头的衣服，他的左臂上果然贴满了膏药。
证据确凿金捕头被打入大牢。朱一品来到狱中为金捕头治病。他问金捕头为何要杀死王员外和钱掌柜，又利用狐妖敛财，金捕头说自己做这一切都是为了挣钱。朱一品不相信，他说金捕头一定与同舟会有关系。金捕头猛地出拳把朱一品打晕在地。一个头戴黑面纱的人出现了，他说曹公公利用金捕头暗渡陈仓，铲除了异己却又过河拆桥把金捕头打入大牢。他说自己会救金如风出狱，但金如风要替他完成一件事情。金如风答应了。
朱一品醒来，狱卒却说他私自放走了犯人。杨宇轩和柳若馨奉东西厂公之命让县令释放了朱一品。朱一品告诉二人金如风一定和同舟会有关系。
京城聚宝斋有可能与同舟会有关系，东厂曹公公与西厂汪公公让杨、柳二人带着朱一品前去查明此事。这天，聚宝斋举行鉴宝大会，展厅上陈列着稀世珍宝半幅“兰亭集序”。朱一品三人扮作土豪模样来到聚宝斋，聚宝斋老板热情地接待了他们，但是朱一品说卷轴上没有此人。