共37集
五百年前的大明京城，一家小医馆里生活着一群乐呵的年轻人。一天，医馆馆主离奇失踪，徒弟朱一品随后收到一个卷轴，无意中打开后，天生的神速记忆让他快速阅读并记下了卷轴的内容，之后就晕厥过去，卷轴也随之烧成灰烬。东厂西厂得知后，派麾下高手杨宇轩与柳若馨前来医馆卧底查探卷轴里的秘密，阴差阳错，他们和朱一品卷入一个个离奇案件。新人入局，也打破了医馆往日的平静。柳若馨年轻貌美，杨宇轩高大英俊，朱一品、赵布祝似乎都被柳姑娘所吸引，陈安安故意要跟杨宇轩亲密互动，期间杨宇轩的前女友、锦衣卫副千户聂紫衣也进来搅局，无数种可能都在小小的医馆里悄悄发酵。朱一品带领的医馆神探小分队踏上冒险之旅，披荆斩棘，将一桩桩迷案及其背后的惊天秘密一一揭开。
朱一品仔细端详展台上的字贴，他闻到了一股熟悉的中药味，这让他觉得这个字贴是师傅的，可是师傅的收藏怎么会跑到聚宝斋来，他百思不得其解。
杨宇轩的前任女友聂紫衣是锦衣卫副千户，她奉上司之命也来到聚宝斋搅局。聂紫衣看到杨宇轩和柳若馨在一起心里特别别扭，她把柳若馨推进水中高兴的跑了。
朱一品和柳若馨觉得王怀古很可疑，那个字贴一定不是他的，二人决定夜探聚宝斋。两人来到聚宝斋却发现一个黑衣人正顺着从屋顶上掉下来的绳子想偷取陈列在展台上的兰亭集序。柳若馨想抽出剑杀掉黑衣人，朱一品却让柳若馨不要打草惊蛇。这时杨宇轩和聂紫衣也悄悄来到了聚宝斋，黑衣人发现了他们准备逃走，杨宇轩正要提醒柳若馨留下活口，黑衣人就已经被柳若馨杀死了。朱一品建议把黑衣人的尸体留在聚宝斋，如果他是受人指使那一定就会有人来收尸。
一个蒙着面纱的女子来到医馆看病。可是她的脉象千变万化朱一品怎么也摸不出此女的脉象。朱一品听出女子的声音是聂紫衣，聂紫衣告诉朱一品自己也想搬到医馆来住。她奉承赵布祝一表人才学富五车，又夸奖陈安安貌如天仙、温柔贤良。还说自己是朱一品的远房表妹，朱一品经常来信说陈安安是世界上难得的好女子，陈安安听了心里像喝了蜜，聂紫衣告诉安安自己住的客栈出了盗窃事件，陈安安便极力挽留聂紫衣在医馆住下。朱一品简直哭笑不得。
夜晚聂紫衣和杨宇轩在院子里聊天，两人聊起了往事。那一年曹公公告诉杨宇轩他的父亲犯了叛国谋逆之罪，让杨宇轩把父亲带到后面荒山上处置。来到后山杨宇轩责问父亲为什么要叛国谋反，父亲却不肯告知真相。杨宇轩要父亲拔剑与自己对决。