共48集
《神探狄仁杰3》分为《凉州案-黑衣社》和《邗沟案-漕渠魅影》两个惊险绝伦、触目惊心的故事组成。故事承接第二部，狄仁杰（梁冠华饰）自连破幽州、并州、蛇灵、江州等一系列大案后，几经恳请，终于得武皇（吕中饰）允准回老家并州修养。然而就像护卫李元芳（张子健饰）所言，这看似颐养天年的平静中却蕴藏着更大的杀机与阴谋。 本部历史侦探悬疑系列电视剧《神探狄仁杰》，已有四部推出，部部故事悬念迭出，情节扣人心弦，《神探狄仁杰5》也即将在2014与观众见面。《神探狄仁杰》系列电视剧不仅融合扑朔迷离的悬疑剧情与恐怖的视觉元素为一身，更加入了李元芳与狄如燕的爱情、狄仁杰与曾泰的师生之情、以及武则天与狄仁杰的君臣际遇等情感戏码，使得本系列电视剧在惊险刺激的段段案件中增添了不少温情色彩。
李元芳跟踪匪徒来到某地，他发现了死于瘟疫的八具尸身，也发现了恐怖的天竺奇货——的死亡之神。为进一步弄清真相，李元芳用计混入匪帮队伍，潜入了黑暗之山。这时的狄公大队，也出了凉州城，直奔古堡而来。狄公率钦差卫队对古堡进行了彻底的扫荡。他们几经周折找到藏匿的饷银，但匪首们却借着复杂的密道逃之夭夭了。俘虏所有匪徒拒不招供，竟都宁死不屈咬毒自尽。狄公觉得还有太多迷团有待揭开：大漠劫饷的真正动机、杀人无形的恐怖手法、瘟死客栈的天竺商人、神秘的黑暗之山、如此种种，狄公觉得他们已接近了案件的核心。最危险的时刻就要到来了。李元芳跟着百姓们来到黑暗之山，他发现匪徒们诱骗王家堡百姓来这里，是教他们服食一种黑色的丸药。这是在做什么？李元芳决定监视下去。李元芳在黑暗之山与众匪徒周旋较量，凭着大智大勇，冒险来到现场，终于有所发现。在出来的路上，他突然遇到从古堡逃的王锴兄弟，令他奇怪的是，爵爷王锴竟不知这是个什么地方，还和弟弟王蔷冲突起来，仿佛他不是匪帮的人，而是受了欺骗。就在这时，有人来了。