共48集
《神探狄仁杰3》分为《凉州案-黑衣社》和《邗沟案-漕渠魅影》两个惊险绝伦、触目惊心的故事组成。故事承接第二部，狄仁杰（梁冠华饰）自连破幽州、并州、蛇灵、江州等一系列大案后，几经恳请，终于得武皇（吕中饰）允准回老家并州修养。然而就像护卫李元芳（张子健饰）所言，这看似颐养天年的平静中却蕴藏着更大的杀机与阴谋。 本部历史侦探悬疑系列电视剧《神探狄仁杰》，已有四部推出，部部故事悬念迭出，情节扣人心弦，《神探狄仁杰5》也即将在2014与观众见面。《神探狄仁杰》系列电视剧不仅融合扑朔迷离的悬疑剧情与恐怖的视觉元素为一身，更加入了李元芳与狄如燕的爱情、狄仁杰与曾泰的师生之情、以及武则天与狄仁杰的君臣际遇等情感戏码，使得本系列电视剧在惊险刺激的段段案件中增添了不少温情色彩。
雷鸣电闪，大雨如注。大运河长江通往淮水的邗沟水面波涛汹涌，白浪浊天。狂风暴雨之中， 江淮盐铁转运使官船不幸在邗沟覆没。但这不是一桩偶然的事件。因为，这样的覆船事件在这一特殊的水段一年之内已经连续发生十五次了。结果是数百万石食盐损折，船毁人亡！而朝廷派去扬州查察此事的工部官员一批又一批，均是无功而返，可邗沟覆船的异事却是一次紧似一次。更有甚者，此番出漕调查的水部郎中李翰竟然在任上自缢身死。经扬州刺史崔亮严加查察后回文阁部说，李翰收受贿银二十万两，因邗沟又起波澜，他自知罪责难逃，畏罪自戕。由于盐运受阻，西北各地军民所用食盐已呈紧张之势，本指望南盐北调能解燃眉之急，谁料想漕运竟连发怪事。而今，邗沟渠道已成死地，北运停止，盐荒已经发生了！武则天急召自凉州回京复命的狄仁杰进宫，改任他为江南道黜置大使，兼江淮都转运使，奉旨钦差，整饬吏制，察查邗沟覆船大案。