共48集
《神探狄仁杰3》分为《凉州案-黑衣社》和《邗沟案-漕渠魅影》两个惊险绝伦、触目惊心的故事组成。故事承接第二部，狄仁杰（梁冠华饰）自连破幽州、并州、蛇灵、江州等一系列大案后，几经恳请，终于得武皇（吕中饰）允准回老家并州修养。然而就像护卫李元芳（张子健饰）所言，这看似颐养天年的平静中却蕴藏着更大的杀机与阴谋。 本部历史侦探悬疑系列电视剧《神探狄仁杰》，已有四部推出，部部故事悬念迭出，情节扣人心弦，《神探狄仁杰5》也即将在2014与观众见面。《神探狄仁杰》系列电视剧不仅融合扑朔迷离的悬疑剧情与恐怖的视觉元素为一身，更加入了李元芳与狄如燕的爱情、狄仁杰与曾泰的师生之情、以及武则天与狄仁杰的君臣际遇等情感戏码，使得本系列电视剧在惊险刺激的段段案件中增添了不少温情色彩。
其实对邗沟覆船案，狄公刚一进京就有所察觉。那是他在街上无意中受理的一个进京上访告状案。可是，当他下得朝来派人前去接待上访者等一众村民时，却发现这些人都被杀死在客栈之中了。惟有领头的方九和他女儿不知去向。狄公初次感到了邗沟案的迥非寻常。狄公勘查悦来老店上访群众被杀的现场，意识到凶手是明显的杀人灭口！而且凶手假冒了公门中的衙役实施作案，意图将侦察引向歧途。他感到自己接手案件还未出京城，那些恶贼的魔爪便已经伸到了这里。这就说明，此事对方是蓄谋已久的。李元芳觉得既然诉状已被狄公受理，对方还要杀人灭口似乎没有意义？狄公告诉他按永徽律，官府要对一件案子立案侦破，必须要有诉状和首告之人，这两点缺一不可。如果首告之人死去，或因故不能出首，那么此案便立即撤销。凶手是想杀死首告之人，那样虽有诉状，也能令此案自销，所以他们必下毒手！他由此想到方九父女，他们的处境可太不妙了。他下令曾泰立刻命京兆尹出动所有衙役全城搜查，一定要找到方九父女。狄公也立即想到了李翰的夫人，但当他率人赶到李府还是晚了一步。之前已有两拨人造访过了。先是扬州来的一位掌故，诈称李翰重病将夫人宁氏接走探病，接着是一女子云姑声言有要件呈送夫人，听说夫人被接走，急返直追去了。两宗蹊跷的来客令狄公疑虑非常，立即命李元芳追赶救援，务必确保李夫人宁氏的安全。