共48集
《神探狄仁杰3》分为《凉州案-黑衣社》和《邗沟案-漕渠魅影》两个惊险绝伦、触目惊心的故事组成。故事承接第二部，狄仁杰（梁冠华饰）自连破幽州、并州、蛇灵、江州等一系列大案后，几经恳请，终于得武皇（吕中饰）允准回老家并州修养。然而就像护卫李元芳（张子健饰）所言，这看似颐养天年的平静中却蕴藏着更大的杀机与阴谋。 本部历史侦探悬疑系列电视剧《神探狄仁杰》，已有四部推出，部部故事悬念迭出，情节扣人心弦，《神探狄仁杰5》也即将在2014与观众见面。《神探狄仁杰》系列电视剧不仅融合扑朔迷离的悬疑剧情与恐怖的视觉元素为一身，更加入了李元芳与狄如燕的爱情、狄仁杰与曾泰的师生之情、以及武则天与狄仁杰的君臣际遇等情感戏码，使得本系列电视剧在惊险刺激的段段案件中增添了不少温情色彩。
狄公率大军包围古堡，剿匪战斗杀声四起，下雨了。狄公等冲进古堡，但古堡中空无一人，饷银也被提前转移了，狄公料立即率人追赶。昏去的李元芳终于醒来，发现有人救了他，得知身处的宅院是归义伯府，主人名字叫王锴，是个袭爵的世家。狄公等追赶饷银，顺着暗道来到悬崖绝壁的出口。拉饷的车辙不见了，仿佛横空飞走一般，令人殊难思议。而那条指示暗道机关的绣花腰带，此时也蓦地失了灵。大军找不到绝处逢生的路，只好又回到古堡之中。可是，不幸的事情发生了。在凉州城中怪事也来了。有商曹向长史急报，滞留城中的天竺商队出现了可怕的瘟疫，已经死了八个人。为防止瘟疫蔓延，人们主张将死人和有感染嫌疑的客商送出城去。这样一来，曾泰封锁搜查的计划就会被打破，再想勘破饷银案恐怕很难。可事出无奈，为全城百姓安危着想，长史也只好事急从权。