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1949 年，国民党拟定了一份“秘杀名单”，上面开列了有起义倾向国民党军高级军官，及国统区的爱国民主人士数十人。共产党中央命令潜伏在国民党国防部的地下党员沈剑秋搞到名单，以保护这批人士。国防部保密局上海中心局局长严敬尧、副局长方汝州、保密局女特工叶梦馨、委员长侍从室特工林怡等人为“秘杀行动”和“秘杀名单”各怀心事。叶梦馨从小被沈剑秋的母亲收养，她深爱沈剑秋；而沈剑秋爱的是女军医夏冰；林怡所爱的画家陶公亮是国民党桂系安插在中共上海地下党内部的卧底，而陶公亮的恋人是沈剑秋的小妹沈若兰。这份“名单”藏在国民党保密局深处，中共、保密局中有意投共的人员、青帮三家盯着，经过惊心动魄的激烈争夺战，最终，“名单”上的大多数人得到了及时的保护。
蒋公绰将麻三的死告诉了局长，他已命人查找麻三的下落。沈剑秋知道了黄少雄带的消息，夏冰的方叔叔再次帮了他。蒋公绰召集人开会，他分三组去寻找麻三下落。 中心局的人到了机房后发现保密局的人已经事先到达，他们就回去了。黄少雄对机房的记事员进行盘问，他知道了最后一个电话是打给沈剑秋的。林怡开枪打死了她以前的男朋友，她打电话叫保密局的人去收尸。
保密局的人到后处理了尸首。黄少雄找到了麻三，现场发现了军方吉普车的轮胎印。麻在死让毛人凤决定将密杀计划暂停，蒋公绰对于麻三的做法很为恼火。黄少雄将众多疑点指向了沈剑秋，蒋公绰打算申请秘密调查上海中心局和沈剑秋。 林怡在车站没接到要接的人，这位保密局中校谍报员叶梦辛化妆成老太太让他们没认出来，她和林怡交手后叶梦辛露出了真正的面容。叶梦辛是三四年被派到美国学习的，严副局长将保密局的人介绍给她认识。 叶梦辛一到保密局就被安排了中校军衔，还专门配了车。蒋公绰发现上海中心局副局长李子贤的车最为怀疑，他们立即对李子贤展开调查。陶公亮给林怡打去电话，她说什么时候对他都方便。