共32集
马云飞和高寒婚礼的当天，来了一个不速之客——“五号特工组”的老朋友老于。老于恳请他们再次出山，执行一项特别任务：追查盗窃美国核武器资料的双料间谍吉川猛夫。 为此，高寒跟随欧阳剑平和李智博赶赴云南接受任务，马云飞和何坚也被迫出山，“五号特工组”再次集结。同时，日本人也派出了自己的杀手锏，酒井朝香——她是酒井美惠子的亲妹妹，一个毒辣凶狠的高级女间谍。宿敌相遇，从滇缅到华北，从大后方到最前线，五号特工组和以酒井朝香为首的日特展开了纵横千里的较量，一次次火中取栗，化险为夷，为抗战立下了卓著功勋，酒井朝香最终重蹈了酒井美惠子的覆辙，倒在了“五号”的枪口之下。
很快，五特几人抓捕了王树森，却没想到，这个王树森，是余万成五十七师的老部下，为给五十七师翻案，来到机场，想通过陈纳德到重庆，记者云集的机会，为五十七师翻案。
王树森排除嫌疑，调查陈纳德被刺案走了一个弯路。
五特退回原点，继续排查，通过分析陈纳德抵达时记者拍摄的纪录片，几人确定了杀手第二狙击地点，机场附近的水塔，原来，日特有两处狙击地点，是双保险。
五特立刻动身前往机场，不成想在水塔遇到前来清理现场的日特前田。五特识破了前田的身份，但打斗中，被狡猾的前田逃走。
五特在水塔现场找到了一枚百合花花瓣，五特分析，这百合花花瓣，很可能是杀手留下来的，于是马云飞和高寒来到花店调查，并且查出，这种百合花，与重庆附近的教堂有关，几人推断出，日特的藏匿地点，很可能在教堂。 在军统的配合下，五特等人开始搜索重庆附近的教堂，很快，众人找到了位于荒弃的回龙渡渡口的教堂，日特正隐藏在这里。