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齐州市中级人民法院副院长齐衡，刚上任就接手了案情复杂的“渔船杀人案”，从幸存者证词中抽丝剥茧发现漏洞，成功查明郑夺杀人事实。齐衡的儿子齐伦在电视上看到郑夺，认出郑夺就是绑架自己母亲郭念的凶手，由此牵出幕后黑手罗怀功。与此同时，罗怀功旗下的姜云化工集团长期排污致村民患上绝症，民情愤懑，被告到法院。市级领导为了保GDP增长，要求手下留情。齐衡坚决排除干扰，秉公执法，进行公正判决，遭到罗怀功报复，险些丧命。郭念尸骸被发现，一直拒不认罪的郑夺被罗怀功杀人灭口。在齐衡等人的大力协助下，公安机关将罗怀功犯罪团伙摧毁，不法分子被法院公正判决。作为人世间维护公平正义的最后一道防线，齐衡和他的法院同事们，在司法体制改革精神的指引下，用所有的精力去维护社会的公平正义，让依法治国的制度体系有力地落实在中国大地。
环保局局长将化工厂的水质取样悄悄调包，马头村拿到的污水标本悄无声息被处理掉，中午他与化工厂的老板一起吃饭，故意称自己会努力把事情摆平，吃完饭还向甲方暗示最近家里资金周转不灵。
齐衡一直关注着马头村排污案件，听到环保局出来的结果是化工厂没有排污，各项检测完全在合格范围内，如果化工厂没有排污，那些肾衰竭的村民是怎么回事。齐衡专程去到检察院院长那里商议，院长知道这件事引起的舆论风波，他觉得既然环保局那边的检测结果合格，政法部门这边也没有理由提起上诉。
紧跟着，公益律师朱黎明重新向法院递交了状子，他起诉化工厂应该对周边患病村民进行民事赔偿，罗怀功听到朱黎明的名字不以为然，觉得他是跳梁小丑，没多久就会销声匿迹。
既然有人提交了起诉状，法院就要接手审理，张延军也很关注这件事，特意问齐衡要不要立案。齐衡透露，有人把马头村的水质送到上海第三方鉴定机构，结果和环保局有出入。张延军听到很不解，强调说环保局是政府单位，怎么也得保留形象，建议不公开审理，如果化工厂真的有问题，今后该赔偿赔偿，该管理管理。齐衡明白张延军的意图想庭外和解，这件事牵扯甚多，他仔细斟酌耐心回复张延军。
刘县长也听说了姜云化工厂的事情，他指着环保局局长拍案大骂，问到底怎么回事，这些年姜云化工厂给县里财政交了很多税，立了大功，千万不能影响化工厂的生产。环保局局长拍胸脯保证化工厂的污水排放之前都经过处理，不存在任何问题，是朱黎明在捣乱。
齐衡最终决定立案审理，院长听到他的决定还特意问他准备好了没有，郑重提醒他一旦立案，齐衡就等于在公开和那些看见看不见的魔鬼任务做对。齐衡知道院长这番话是对他的关心，但是看到马头村村民受到病痛的折磨，他不忍心，也做不到熟视无睹。
罗怀功接到法院的传票，他不同意庭前和解，坚决要对薄公堂。一场硬仗就要到来，马拉松和同事听到这个消息跃跃欲试，这是本地第一次以民事诉讼打环保的官司，对他们来说意义重大。法庭上，辩护律师称环保局的取样过程合法合理，而对方的取样来不不明，不能作为证据反驳。法官经过郑重考虑，决定再次对化工厂的水样进行检测。
罗怀功听说了还要再次取样，特意找了很多人扮成化工厂工人模样前去阻挠，不仅如此，取样的员工去给附近井下泥土取样，发现泥土上已经浇筑了厚厚的水泥。化工厂的人分批一天二十四小时守着取样地点，第三方鉴定机构根本没有机会拿到样本。