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齐州市中级人民法院副院长齐衡，刚上任就接手了案情复杂的“渔船杀人案”，从幸存者证词中抽丝剥茧发现漏洞，成功查明郑夺杀人事实。齐衡的儿子齐伦在电视上看到郑夺，认出郑夺就是绑架自己母亲郭念的凶手，由此牵出幕后黑手罗怀功。与此同时，罗怀功旗下的姜云化工集团长期排污致村民患上绝症，民情愤懑，被告到法院。市级领导为了保GDP增长，要求手下留情。齐衡坚决排除干扰，秉公执法，进行公正判决，遭到罗怀功报复，险些丧命。郭念尸骸被发现，一直拒不认罪的郑夺被罗怀功杀人灭口。在齐衡等人的大力协助下，公安机关将罗怀功犯罪团伙摧毁，不法分子被法院公正判决。作为人世间维护公平正义的最后一道防线，齐衡和他的法院同事们，在司法体制改革精神的指引下，用所有的精力去维护社会的公平正义，让依法治国的制度体系有力地落实在中国大地。
罗怀功听说齐衡根本不畏惧吴书记的权威，在会议没有开完的时候，就下了判决书，化工厂彻底败诉，罗怀功对齐衡怀恨在心，他和手下说，如果齐衡再独断专行，会让郑夺使其“住口”。
姜云化工厂的水厂长接到判决书就“人间蒸发”，到了赔偿的环节，却找不到人，法院的每一位同志都为那些病患村民忧心忡忡。
马拉松曾答应郭伦一起寻找姐姐郭念，郭伦一路寻找到姐姐工作的地方，报社找了郭念的抽屉，发现姐姐曾经在六年前也调查过姜云化工厂，听到这个名字，郭伦心里就很紧张。马拉松和郭伦去到罗怀功公司，无意中发现了水卫红，也就是玩“人间蒸发”的水厂长。
马拉松和郭伦一路跟踪水卫红，郭伦通过黑客技术，找到水卫红的房间号，从水卫红的嘴里，郭伦知道姐姐曾经调查化工厂，并且找打了幕后的保护伞，因为调查内幕太过深入，郭念被一个心狠手辣的刀疤男，幸好当时水卫红经过，当时绑架姐姐的男人和水卫红都跑了。郭伦问绑架姐姐的人外貌特征，经过水卫红的明确，此人确实是郭念。
郭伦将自己得到的线索告诉马拉松，两个人把所有的线索联系到一起，逐渐推测出渔船案背后的惊天秘密，当初郭念就是因为调查化工厂被人绑架，后来实习记者胡白发现了郭念曾经存放的一些资料，所以想要继续深入调查，在那晚最后上船的郑夺，显然并不是巧合要坐船，而是故意为之。这个推测做完之后，两个人更加笃定。
齐衡听到妻弟和马拉松依然坚持调查化工厂，他郑重叮嘱马拉松千万不要再调查化工厂了，真的非常危险。警局接到一封匿名信，匿名信中夹了一根头发，信中指名让警方再进行一下DNA比对，因为这根头发是郭念的。
警方知道郭念和齐衡的关系，这次比对真的对上了，确实是郭念的。齐衡和郭伦一起到警察局，听到这个消息，显示地无比震惊。何警察非常能够理解齐衡的心情，问郭念生前有没有得罪过什么人。
齐衡陷入痛苦的回忆，六年前两个人超过两次架，一直到现在回想起那两次口角，齐衡也没有觉得什么不好，在郭念失踪一周后，他收到一封信，是电脑打印的，信笺中吐露对他的不满，称要和他分开一段时间，之后就杳无音讯了六年多。
在警方没有告诉齐衡这个调查结果时，齐衡每天都在期待，希望有一天能接到郭念活着的消息，没想到等来的却是这个结果，六年多了，他不可能没有做好最坏的打算，但是验证了结果后，依然痛彻心扉。