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公元653年。唐高宗皇位未稳急于用泰山封禅彰显皇威。自认血统高贵的安王李承道,卧薪尝胆图谋夺回皇位。李承道派死士暗中阻杀,泰山封禅在一场腥风血雨中惨淡收场。唐高宗在打击后一蹶不振不理朝政。郦贵妃为了制衡在后宫日益壮大的势力,决定让唐高宗把身处在感业寺中的武媚娘接回宫中。唐高宗借以感业寺修葺进香为名,带着官员们一起去寺里进香礼佛多少以挽回封禅受挫颜面,并顺道把武媚娘接回。狄仁杰带着家丁二宝,为躲避婚约尾随到长安述职的父亲。在父亲的引见下,狄仁杰与国丈爷刑部尚书王佑仁见面,狄仁杰这才发现王佑仁之子王元芳竟是当天在市集上遇到了纨绔公子哥。两人不打不相识,王元芳告诉狄仁杰感业寺最近闹鬼的传闻,约他一同前往探个究竟。却随即发生了一系列恐怖案件……成功破解感业寺疑云的狄仁杰得到唐高宗和武媚娘的欣赏与信任,狄仁杰与在寺中结识的李婉清互生情愫,而元芳与梦瑶也互生好感。几人决定四处游历。一路打打闹闹,也屡遇凶险,经历了鸢尾谷的亡灵案,孤岛魔影案,九天玄女童谣杀人案后,狄仁杰与元芳成为挚交好友,两对年轻人的情感也愈加浓烈。但敏感的狄仁杰却始终感觉到了李婉清对身世难以放下,以及身后一股神秘势力在暗中的蠢蠢欲动……
唐高宗为完成先皇遗愿,在泰山光明顶及山脚下大兴土木,建成方圆二坛,用以祭祀之事,皇帝李治非常看重这件事情,他在朝堂上让大臣商讨相关事宜,皇帝问许敬宗事情进行的怎么样了,许敬宗对皇帝上奏了天坛地坛的事情。
狄仁杰已经到了成家立业的年纪了,他的父亲要为他娶一个侍郎的女儿,虽然长得不好看但是诗词歌赋样样精通,并且出身名门,但是狄仁杰不愿意,就推脱说一切都等父亲从长安回来以后再说。
在地下有一个神秘的组织,他们似乎在进行着一个屠龙计划,他们到底有着什么样的身份而任务呢?
狄仁杰在父亲动身去长安的那一刻开始,就也开始动身前往长安,就在一家客栈里,狄仁杰偶遇一个身着紫衣服的女人,她菩萨心肠每隔一段时间就会前来就诊,她虽然蒙着面但是狄仁杰还是看呆了,好像有什么情愫在两个人之间蔓延着。
就在这时候童梦瑶赶到了,她抓着小虎不放手,狄仁杰真没想到童梦瑶会跟过来,童梦瑶大吵大闹,童梦瑶就是一个母老虎,那个紫衣女子看见这一幕淡淡的笑了。
趁着月色,一堆武功高强的神秘人出现杀了很多侍卫,并且火烧了祭坛,那么长时间建立的祭坛就这样灰飞烟灭了,李治大发雷霆,因为奏折上所说是天火,李治不相信,但是大臣们都说顷刻之间天坛地坛夷为平地,侍卫无一生还,并且残骸摆成昏遣二字,这引起当地居民的混乱说这是天谴。李治很是郁闷,借酒消愁,只想着媚娘一人。
此时的媚娘出家在感业寺,她看着琵琶若有所思,可是她心里明白,她明白李治的心思,可是她又能怎么办,纵使情深似海,也终将抵不过万里浮云。夜深人静,一张纸条突然出现,约媚娘午夜相见,媚娘魄力不减当年,原来是王大人千里迢迢来找媚娘,他希望可以助媚娘一臂之力重回昔日生活,王大人想借媚娘之手除掉徐朝媛。王大人告诉媚娘,皇帝要来感业寺,她要好好利用这次机会,媚娘何其聪明,她同时也借用王大人让自己摆脱这种困境。
同一时间李治也收到了媚娘的信笺,他自认辜负了媚娘心里很是不好受,正好顺水推舟他决定前去感业寺。