共40集
公元653年。唐高宗皇位未稳急于用泰山封禅彰显皇威。自认血统高贵的安王李承道，卧薪尝胆图谋夺回皇位。李承道派死士暗中阻杀，泰山封禅在一场腥风血雨中惨淡收场。唐高宗在打击后一蹶不振不理朝政。郦贵妃为了制衡在后宫日益壮大的势力，决定让唐高宗把身处在感业寺中的武媚娘接回宫中。唐高宗借以感业寺修葺进香为名，带着官员们一起去寺里进香礼佛多少以挽回封禅受挫颜面，并顺道把武媚娘接回。狄仁杰带着家丁二宝，为躲避婚约尾随到长安述职的父亲。在父亲的引见下，狄仁杰与国丈爷刑部尚书王佑仁见面，狄仁杰这才发现王佑仁之子王元芳竟是当天在市集上遇到了纨绔公子哥。两人不打不相识，王元芳告诉狄仁杰感业寺最近闹鬼的传闻，约他一同前往探个究竟。却随即发生了一系列恐怖案件……成功破解感业寺疑云的狄仁杰得到唐高宗和武媚娘的欣赏与信任，狄仁杰与在寺中结识的李婉清互生情愫，而元芳与梦瑶也互生好感。几人决定四处游历。一路打打闹闹，也屡遇凶险，经历了鸢尾谷的亡灵案，孤岛魔影案，九天玄女童谣杀人案后，狄仁杰与元芳成为挚交好友，两对年轻人的情感也愈加浓烈。但敏感的狄仁杰却始终感觉到了李婉清对身世难以放下，以及身后一股神秘势力在暗中的蠢蠢欲动……
元芳带着西北军在丹凤门被抓，王大人觉得事情不妙暂时扣押狄知逊他们一干人等当做人质，元芳被抓其实是佯装被抓，他命令禁卫军一定要守好城门这里，他前去找陛下保护他。但是因为西北军一个个视死如归，势如破竹，很快就包围了李治。李治不明白他一向待西北军不薄，为何他们胆敢造反，西北军将军说这么些年他们镇守边关，却吃不饱穿不暖，他们只能靠打猎充饥。李治摇头说这不可能啊，他抬头一看王大人在城门上嚣张不已，现在李治才明白原来这一切都是王佑仁搞的鬼，他居然想要谋朝篡位。
就在将军想要弑君的时候，狄仁杰拔刀相助，在危机关头救了李治，这时候禁卫军也赶来支援。可是王佑仁还有筹码，他用狄知逊一干人等的性命威胁狄仁杰杀了李治。狄知逊告诉狄仁杰不要管他，要以大局为重。
就在王佑仁想杀了狄知逊杀一儆百的时候，蒙面人再次出现，元芳出手阻拦自己的父亲才能让狄仁杰有机会就出父亲他们。王佑仁兵败如山倒，假郦妃想要逃走，被莲儿刺杀灭口，因为莲儿就是精灵圣使。
屠龙堂的堂主没有想到王佑仁居然会背叛他想要自己当皇帝，一怒之下将王佑仁打成重伤，元芳及时出现抱住了自己的父亲，他不明白为什么他一向引以为荣的父亲变成这样。人之将死其言也善，王佑仁自知对不起他们姐弟，后悔不已。狄仁杰根据精灵使者带路找到地宫，双方大打出手，婉青在最后也没有放下仇恨刺杀皇帝，可是她没有成功梦瑶为了婉青挡下致命一击。临死前，梦瑶希望婉青能放下仇恨，她不忍心让狄仁杰一个人孤独的生活，她很感谢元芳一直陪着他，她希望如果有下辈子，她不会再把小虎让给婉青，如果有下辈子她希望元芳能早点出现。
元芳狄仁杰和李恪在做着最后致命一搏，王佑仁拼死抱住李恪才能让狄仁杰有机可乘杀了李恪，元芳重伤晕倒，狄仁杰晕倒前请求皇帝不要杀害婉青。狄仁杰重伤醒来，婉青已经留书出走，元芳自从上次一役就失踪了，狄仁杰回忆他们之间的点点滴滴，心如刀绞。
婉青后悔自己的所作所为，她出家忏悔，她觉得自己没资格站在狄仁杰旁边，狄仁杰千山万水的寻找她，不找到她决不罢休。
（全剧终）