共40集
公元653年。唐高宗皇位未稳急于用泰山封禅彰显皇威。自认血统高贵的安王李承道，卧薪尝胆图谋夺回皇位。李承道派死士暗中阻杀，泰山封禅在一场腥风血雨中惨淡收场。唐高宗在打击后一蹶不振不理朝政。郦贵妃为了制衡在后宫日益壮大的势力，决定让唐高宗把身处在感业寺中的武媚娘接回宫中。唐高宗借以感业寺修葺进香为名，带着官员们一起去寺里进香礼佛多少以挽回封禅受挫颜面，并顺道把武媚娘接回。狄仁杰带着家丁二宝，为躲避婚约尾随到长安述职的父亲。在父亲的引见下，狄仁杰与国丈爷刑部尚书王佑仁见面，狄仁杰这才发现王佑仁之子王元芳竟是当天在市集上遇到了纨绔公子哥。两人不打不相识，王元芳告诉狄仁杰感业寺最近闹鬼的传闻，约他一同前往探个究竟。却随即发生了一系列恐怖案件……成功破解感业寺疑云的狄仁杰得到唐高宗和武媚娘的欣赏与信任，狄仁杰与在寺中结识的李婉清互生情愫，而元芳与梦瑶也互生好感。几人决定四处游历。一路打打闹闹，也屡遇凶险，经历了鸢尾谷的亡灵案，孤岛魔影案，九天玄女童谣杀人案后，狄仁杰与元芳成为挚交好友，两对年轻人的情感也愈加浓烈。但敏感的狄仁杰却始终感觉到了李婉清对身世难以放下，以及身后一股神秘势力在暗中的蠢蠢欲动……
狄仁杰说出案发经过，并且狄仁杰证实在索朗的指甲缝里发现粉红色的粉末，那香粉是小昭脸上的，而且还是西域特制。狄仁杰得到皇上的许可后说出她在郦妃房中听到的话，莲儿被皇上质问，皇上想知道小昭的尸体，狄仁杰推断她的尸体就在水池中，经过侍卫的搜查的确发现了小昭的尸体。可是在狄仁杰指证徐昭媛的时候，拿出从索朗身上发现的玉佩，王佑仁解释那是索朗为纪念母亲所为，没想到王大人早有安排收买了别人。这让狄仁杰有些意外，他请求多给一些时间来调查，王佑仁等人请皇上赐死狄仁杰，狄仁杰和李婉青被押入天牢等候发落。
元芳和梦瑶带着西北大军一路到长安城，梦瑶相信元芳一定不会做出叛军这样的事情的，因为她相信元芳。元芳带着西北军利用金牌一路畅通无阻，顺利进入长安城。
媚娘为皇帝挡了一箭，身受重伤，即使是这样，她还是一直为狄仁杰求情，请求皇帝不要杀狄仁杰，皇帝心疼媚娘，他答应媚娘不会杀狄仁杰，一切从长计议。杜柯求见陛下，他誓死请柬说狄家父子绝对不会是谋反之人，但是因为皇帝太相信王大人被眼前事物所蒙蔽，他还是没听杜柯大人的，让杜柯不要再管理朝堂之事了。
狄家父子一同被关入天牢，狄知逊后悔没听狄仁杰他娘的话，深入朝堂，结果惹祸上身，找来牢狱之灾。狄仁杰给他父亲介绍婉青，狄知逊知道关于婉青的一切，他劝解婉青如果能活着出去一定要好好地生活，不要被仇恨蒙蔽双眼。
杜静秋为了狄仁杰的事情来找武媚娘，媚娘带着她去大牢，狸猫换太子，因为媚娘觉得王大人有阴谋大唐危在旦夕，现在只有用静秋来换狄仁杰出来，因为只有狄仁杰出来才能挽回一切。
元芳带着西北军已经进入长安这里，王大人觉得大局已定，决定去天牢把狄知逊一干人等杀了。