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《洗冤录》著于宋代，是法医史上的惊世巨著，其作者却是一个饱受歧视的棺材遗腹子。在棺材中出生的宋慈被视为灾星，幸得好朋友薛丹的祖母抚养长大，更与丹和查小灿成为好朋友。长大后，慈遭人诬告后被判死刑，却身遭雷殛。送到义庄后却遭看守的马贵救回，相处后，慈更从贵身上学会了验尸。因分地纠纷而找村长理论的宋慈与劫富济贫的江湖女贼唐思意外地卷入了谋杀村长的案中，被判死刑，后得到新知县宋翊及熟悉验尸的马贵相助，沉冤得雪。宋翊聘宋慈为忤作，两人合作屡破奇案，声名大噪。唐思因宋翊救命之恩，暗生情愫，但宋翊已与聂枫发展感情。这时一名长相与宋翊一模一样的人突然出现，原来假宋翊为求功名，将真宋翊推下山崖冒名顶替，做起了知县;后又攀附权贵，抛弃聂枫而娶富家女蓝彩蝶为妻，岂料蓝家早已外强中干，负债累累。 假宋翊感到彩蝶是他的负担，故设计陷害。其险恶面目渐渐表露，但他每次行凶时均非常谨慎，都要彻底毁尸灭迹。宋慈无计可施之际，意外地发现了真宋翊的尸体，经过艰苦地调查取证，在唐思和聂枫的帮助下，最终惩戒了凶手，伸张了正义。
宋翊发现鲁花开始对他生疑，向她下毒手。彩蝶找宋慈倾诉，因避雨上小艇共度一宵，翌晨二人离开艇时被小灿看见。彩蝶送早饭给鲁花吃时发现她已死去。宋慈替鲁花验尸，认为死于心绞痛并无可疑。宋诚回镇后知道鲁花已死非常伤心，欲替她重新画眉时，竟有所发现。 宋慈再替鲁花验尸及在衙门发掘新证据，终于在彩蝶房中发现重要证物，彩蝶顿成毒杀家姑嫌疑犯。宋慈在公堂上替彩蝶说话，又以官职逼使宋翊先将彩蝶收监。宋玲指宋慈对彩蝶余情未了，唐思扮作不理会。 唐思接受宋翊提议，劝宋慈为保清白不要插手彩蝶案件，但他坚决要找出事实真相。梅子林发现一具烧焦尸体，但镇上并无失踪人口，成为无头公案。聂枫与宋慈得到一些新发现但却未能破解玄机，便到蓝家找新证据，宋慈终于在冰窖内想通了鲁花尸身早腐之谜，并向聂枫透露可证明彩蝶有不在场证据。宋慈提出鲁花真实死亡时间，但宋翊以他多番更改验尸报告，又涉嫌与彩蝶有不寻常关系，要将此案交刑部处理。宋翊装成受害者，博取唐思同情。