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《洗冤录》著于宋代，是法医史上的惊世巨著，其作者却是一个饱受歧视的棺材遗腹子。在棺材中出生的宋慈被视为灾星，幸得好朋友薛丹的祖母抚养长大，更与丹和查小灿成为好朋友。长大后，慈遭人诬告后被判死刑，却身遭雷殛。送到义庄后却遭看守的马贵救回，相处后，慈更从贵身上学会了验尸。因分地纠纷而找村长理论的宋慈与劫富济贫的江湖女贼唐思意外地卷入了谋杀村长的案中，被判死刑，后得到新知县宋翊及熟悉验尸的马贵相助，沉冤得雪。宋翊聘宋慈为忤作，两人合作屡破奇案，声名大噪。唐思因宋翊救命之恩，暗生情愫，但宋翊已与聂枫发展感情。这时一名长相与宋翊一模一样的人突然出现，原来假宋翊为求功名，将真宋翊推下山崖冒名顶替，做起了知县;后又攀附权贵，抛弃聂枫而娶富家女蓝彩蝶为妻，岂料蓝家早已外强中干，负债累累。 假宋翊感到彩蝶是他的负担，故设计陷害。其险恶面目渐渐表露，但他每次行凶时均非常谨慎，都要彻底毁尸灭迹。宋慈无计可施之际，意外地发现了真宋翊的尸体，经过艰苦地调查取证，在唐思和聂枫的帮助下，最终惩戒了凶手，伸张了正义。
村长夫人领回村长尸体安葬。薛丹和小灿到义庄拜祭宋慈，赫然发现他仍在生，欣喜若狂。宋慈悄悄割下村长脚底伤口皮肤，马贵指村长中了破伤风毒致死，薛丹提议待宋翊履任时拦途申冤。宋翊接到状词，询问捕头聂人龙意见，人龙指出疑点，二人遂跟踪薛丹到义庄，知宋慈未死。宋慈建议再验尸，宋翊接纳。宋翊到狱中向唐思问话，又说会为她翻案，唐思大喜。 宋慈与人龙合作扮鬼吓村长夫人，差点被聂枫搞砸。聂枫重遇儿时玩伴宋翊，但宋翊却似不认得她。宋翊往找村长夫人，夫人一听到宋慈名字即答应开棺验尸。聂枫在亡母坟前诉说因百变飞狐被格去女捕头一职，只好回来找父人龙。她途经义庄时见宋慈，揭穿他扮鬼，押他回衙门。 众人在村长坟前见到宋慈，均吓一跳，村长夫人恍然被宋慈及宋翊整蛊，反对开棺，宋翊坚持开棺，但看到村长尸体即一愕，原来村长尸体已化成白骨，无从验尸。宋慈再被收押候刑，唐思指宋翊骗她。聂枫自知害了宋慈，亲自送来最后晚餐，宋慈吃后双唇肿胀，马贵见状说若将村长骸骨蒸煮，可为宋慈翻案。