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《洗冤录》著于宋代，是法医史上的惊世巨著，其作者却是一个饱受歧视的棺材遗腹子。在棺材中出生的宋慈被视为灾星，幸得好朋友薛丹的祖母抚养长大，更与丹和查小灿成为好朋友。长大后，慈遭人诬告后被判死刑，却身遭雷殛。送到义庄后却遭看守的马贵救回，相处后，慈更从贵身上学会了验尸。因分地纠纷而找村长理论的宋慈与劫富济贫的江湖女贼唐思意外地卷入了谋杀村长的案中，被判死刑，后得到新知县宋翊及熟悉验尸的马贵相助，沉冤得雪。宋翊聘宋慈为忤作，两人合作屡破奇案，声名大噪。唐思因宋翊救命之恩，暗生情愫，但宋翊已与聂枫发展感情。这时一名长相与宋翊一模一样的人突然出现，原来假宋翊为求功名，将真宋翊推下山崖冒名顶替，做起了知县;后又攀附权贵，抛弃聂枫而娶富家女蓝彩蝶为妻，岂料蓝家早已外强中干，负债累累。 假宋翊感到彩蝶是他的负担，故设计陷害。其险恶面目渐渐表露，但他每次行凶时均非常谨慎，都要彻底毁尸灭迹。宋慈无计可施之际，意外地发现了真宋翊的尸体，经过艰苦地调查取证，在唐思和聂枫的帮助下，最终惩戒了凶手，伸张了正义。
宋慈跟马贵研究尸体并认为死者并非自杀，宋翊即展开调查，聂枫助父人龙缉捕疑犯归案，死者沉冤终得昭雪。宋慈不忍唐思与小灿被贵利追斩，不惜用自己刚分得的土地替她还债。宋慈不知钱袋被人偷去，虽得唐思替他夺回，却被她揶揄一番。 村中首富蓝涛有女蓝彩蝶美貌出众但刁蛮任性，却深深吸引宋慈。彩蝶的丫环到酒家买酒时，突感不适倒地死去，仵作验尸后认定她死于风寒，宋慈却发现她有被鼠咬过的伤痕，认为她可能死于鼠疫，宋慈马上教村民消毒方法，更在蓝家发现蓝夫人可能已染鼠疫，及时救她一命。经鼠疫一事后村民对宋慈的态度大变，令宋慈初尝被人爱戴的滋味。 聂枫怕宋翊将自己被革职一事告诉人龙，为恳求宋翊帮助她，不惜归还儿时曾夺宋翊的玩物，令他啼笑皆非，更令人龙误会二人关系。彩蝶误以为宋慈是同者，与表妹阿君打赌能令宋慈向她提亲，以证明自己美貌过人。彩蝶主动约会宋慈又表现出对他有意，令他信以为真，更提出要宋慈辞职，好让其父答允他的提亲。